1. Видовое богатство и особенности распределения донных беспозвоночных по биотопам в водотоках горных областей Северо-Востока европейской части России, регионов с экстремальными природно–климатическими условиями.
2. Межгодовые колебания в соотношениях доминирующих по биомассе отрядов амфибиотических насекомых в период открытой воды и сравнительная стабильность биомассы общего зообентоса за этот период; рост и развитие ведущих видов донных беспозвоночных в подледный период.
3. Необходимость охраны фауны лососевых рек Урала и Тимана, входящих в естественный ареал атлантического лосося (семги) и поставляющих чистые воды в магистральные русла основных рек европейского Севера: Печоры, Северной Двины и Мезени.
2. Шубина В.Н. Бентос лососевых рек Урала и Тимана. СПб.: Наука, 2006. 401 с.
3 .Шубина В.Н. Водные беспозвоночные // Состояние изученности природных ресурсов Республики Коми. Сыктывкар, 1997. С. 78–91.
4. Shubina V. Aquatic invertebrates // The Pechora river basin. Syktyvkar–Lelystad, 2004. P. 61–71.
5. Шубина В. Н., Мартынов В. Г. Дрифт донных беспозвоночных в лососевых реках Европейского Севера СССР в период ледостава // Гидробиол. журн. 1990. Т. 26, № 6. С.27–31.
6. Шубина В. Н., Орлов А. В. Сравнение фильтрующей способности и уловистости ловушек при сборе проб дрифта донных беспозвоночных // Экология. 1991. № 4. С. 89–91.
7. Шубина В. Н., Естафьев А. А. Бентос лососевых рек горной полосы Приполярного Урала // Экология. 1998. № 4. С. 304–309.
8. Пономарев В. И., Шубина В. Н., Черезова М. И. Характеристика процессов экзотрофии у молоди семги Salmo salar бассейна реки Печоры // Вопросы ихтиологии. 1998. Т. 38, № 5. С. 641–649.
9. Пономарев В. И., Шубина В. Н., Серегина Е. Ю. Популяционные особенности питания хариуса Thymallus thymallus L. (на примере тиманских притоков р. Печора // Биология внутренних вод. 2000. № 2. С. 116–124.
10. Шубина В. Н., Шубин Ю. П., Стахиева Л. Е., Фефилова Е. Б. Бентос лососевых притоков Северной Двины в области Тиманского кряжа // Гидробиол. журн. 2001. Т. 37, № 5. С. 53–62.
11. Шубина В.Н., Шубин Ю.П. Особенности питания европейского Thymallus thymallus и сибирского Th. arcticus хариусов (Thymallidae) в водотоках бассейна реки Кара в районе горного хребта Пай-Хой // Вопросы ихтиологии. 2004. Т.44, № 4. С. 532–537.
12. Шубина В.Н. Ручейники (Trichoptera) в бентосе и пище рыб водотоков Печоро-Илычского государственного заповедника (Северный Урал) // Экология. 2006. № 5. С. 387–393.
13. Соловкина Л. Н., Шубина В. Н. Кормовые стации и питание молоди семги и хариуса в нижнем течении р. Щугор // Изв. Коми фил. Всесоюз. геогр. о-ва. 1970. Т. 2, вып. 3 (13). С. 82–87.
14. Шубина В. Н. Бентос русла и пойменных озер низовья реки Щугор // Биология северных рек на древнеозерных низинах. Сыктывкар: Коми кн. изд-во, 1971. С. 59–70.
15. Шубина В.Н. Беспозвоночные водоемов западного склона Северного Урала // Мат-лы III съезда ВГБО. Рига, 1975. С. 325–328.
16. Шубина В. Н., Мартынов В. Г. Особенности питания рыб в семужье-нерестовой реке Щугор // Экологические исследования природных ресурсов севера нечерноземной зоны. Сыктывкар, 1977. С. 70–84.
17. Сидоров Г.П., Шубина В.Н., Мартынов В.Г., Рубан А.К. Биология атлантического лосося (Salmo salar L.) на этапе речной жизни. Сыктывкар, 1977. 46 с. (АН СССР, Коми фил. сер. Препринтов “Научные доклады”, вып. 35.
18. Шубина В.Н. Личинки ручейников северо-уральских рек (бассейн р. Печора) // Биологические исследования на северо-востоке европейской части СССР. Сыктывкар, 1978. С. 57–63.
19. Шубина В.Н. Бентос р.Щугор и его сезонные изменения // Печорский лосось. Сыктывкар, 1979. С. 95–118. .(Тр. Коми фил. АН СССР. № 40).
20. Шубина В. Н. Дрифт донных беспозвоночных в уральской семужье-нерестовой р.Щугор (бассейн Печоры) // Печорский лосось. Сыктывкар, 1979. С. 119–134.(Тр. Коми фил. АН СССР. № 40).
21. Шубина В. Н. Итоги гидробиологических исследований горных притоков Печоры // Водоемы бассейнов Печоры и Вычегды. Сыктывкар, 1983. С. 21–30. (Тр. Коми фил. АН СССР. № 57).
22. Казлаускас Р.С., Шубина В. Н. Личинки поденок притоков Печоры // Водоемы бассейнов Печоры и Вычегды. Сыктывкар, 1983. С. 56–63. (Тр. Коми фил. АН СССР. №57).
23. Шубина В. Н., Лоскутова О. А., Кулида С. В. Гидробиологическая характеристика нерестово-выростных угодий молоди семги р. Онега // Биология атлантического лосося на европейском севере СССР. Сыктывкар, 1990. С. 42–53. (Тр. Коми научного центра УрО АН СССР. № 114).
24. Сидоров Г.П., Шубина В. Н. Ручейники в питании молоди лосося (Salmo salar L.) и хариуса (Thymallus thymallus L.) р. Щугор // Биология атлантического лосося на европейском севере СССР. Сыктывкар, 1990. С. 65–76. (Тр. Коми научного центра УрО АН СССР. № 114).
25. Шубина В. Н., Лоскутова О. А. Фауна водных беспозвоночных р. Кожим // Влияние разработки россыпных месторождений Приполярного Урала на природную среду. Сыктывкар: Коми научный центр УрО Российской академии наук, 1994. С. 67–76.
26. Шубина В. Н., Лоскутова О. А. Влияние горных разработок на бентос // Влияние разработки россыпных месторождений Приполярного Урала на природную среду. Сыктывкар: Коми научный центр УрО Российской академии наук, 1994. С. 112–120.
27. Шубина В. Н. Изменение структуры бентоса лососевых рек бассейна Печоры под влиянием антропогенного загрязнения // Биологические последствия хозяйственного освоения водоемов европейского Севера. Сыктывкар, 1995. С. 51–68. (Тр. Коми научного центра УрО Российской АН. № 142).
28. Шубина В. Н. Бентос верхнего течения реки Ижма (Тиманский кряж) // Биологические последствия хозяйственного освоения водоемов европейского Севера. Сыктывкар, 1995. С. 69–77. (Тр. Коми научного центра УрО Российской АН. № 142).
29. Шубина В. Н. Влияние техногенных загрязнений на зообентос лососевых рек Печорского бассейна // Экологические проблемы Севера Европейской территории России: Апатиты, 1996. С. 106–107.
30. Шубина В. Н., Шубин Ю. П. Бентос верхнего течения реки Печора (Северный Урал) и его роль в пище рыб // Водные организмы в естественных и трансформированных экосистемах Европейского Северо-Востока. Сыктывкар, 2002. С. 34–50. (Тр. Коми научного центра УрО Российской АН. № 170).
31. Шубина В. Н., Шубин Ю. П. Влияние эксплуатации газопровода СРТО-Торжок на сообщества гидробионтов лососевых рек Северного Урала // Водные организмы в естественных и трансформированных экосистемах Европейского Северо-Востока. Сыктывкар, 2002. С. 114–125. (Тр. Коми научного центра УрО Российской АН. № 170).
32. Шубина В. Н. Ручейники (Trichoptera) в бентосе водоемов северо-востока Европы // Фауна, вопросы экологии, морфологии и эволюции амфибиотических и водных насекомых России. Воронеж, 2004. С. 273–278.
33. Шубина В. Н., И.М.Рочева, М.М.Щукин. Донная фауна лососевой реки Подчерье (Северный Урал) // Проблемы особо охраняемых природных территорий европейского Севера. Сыктывкар, 2004. С. 181–183.
34. Шубина В. Н. Личинки поденок (Ephemeroptera) в бентосе лососевых рек Тимана и Урала // Биоразнообразие и биоресурсы Урала и сопредельных территорий. Оренбург, 2006.С. 213–214.