Научная тема: «ТЕРМОФИЛЬНЫЕ ЖЕЛЕЗОВОССТАНАВЛИВАЮЩИЕ ПРОКАРИОТЫ»
Специальность: 03.00.07
Год: 2008
Отрасль науки: Биологические науки
Основные научные положения, сформулированные автором на основании проведенных исследований:

 

1. Термофильные микроорганизмы способны использовать трёхвалентное железо в качестве акцептора электронов для роста.

2. Термофильные прокариоты, способные к восстановлению нерастворимых соединений Fe(III), распространены в различных типах термальных экосистем.

3. Термофильные железовосстанавливающие микроорганизмы не являются единой филогенетической группой.

4. Железовосстанавливающие термофилы сопрягают восстановление Fe(III) с окислением широкого спектра органических и неорганических веществ.

5. Tермофильные железовосстанавливающие бактерии способны энзиматически восстанавливать токсичные и радиоактивные металлы переменных валентностей.

Список опубликованных работ
Экспериментальные статьи

1. Слободкин А.И., Ерощев-Шак В.А., Кострикина Н.А., Лаврушин В.Ю., Дайняк Л.Г., Заварзин Г.А. (1995) Образование магнетита термофильными анаэробными микроорганизмами. // Доклады Академии Наук. Т. 345. С. 694-697.

2. Slobodkin A., Reysenbach A-L., Strutz N., Dreier M., Wiegel J. (1997) Thermoterrabacterium ferrireducens gen. nov., sp. nov., a thermophilic anaerobic dissimilatory Fe(III)-reducing bacterium from a continental hot spring. // Int. J. Syst. Bacteriol. V. 47. P. 541-547.

3. Slobodkin A.I., Wiegel J. (1997) Fe(III) as an electron acceptor for H2 oxidation in thermophilic anaerobic enrichment cultures from geothermal areas. // Extremophiles. V. 1. P. 106-109.

4. Slobodkin A., Reysenbach A-L., Mayer F., Wiegel J. (1997) Isolation and characterization of the homoacetogenic thermophilic bacterium Moorella glycerini sp. nov. // Int. J. Syst. Bacteriol. V. 47. P. 969-974.

5. Бонч-Осмоловская Е.А., Мирошниченко М.Л., Слободкин А.И., Соколова Т.Г., Карпов Г.А., Кострикина Н.А., Заварзина Д.Г., Прокофьева М.И., Русанов И.И., Пименов Н.В. (1999) Биоразнообразие анаэробных литотрофных прокариот в наземных гидротермах Камчатки. // Микробиология. Т. 68. С. 398-406.

6. Slobodkin A., Jeanthon C., L’Haridon S., Nazina T., Miroshnichenko M., Bonch-Osmolovskaya E. (1999) Dissimilatory reduction of Fe(III) by thermophilic bacteria and archaea in deep subsurface petroleum reservoirs of Western Siberia. // Curr. Microbiol. V. 39. P. 99-102.

7. Slobodkin A.I., T.P. Tourova, B.B. Kuznetsov, N.A. Kostrikina, N.A. Chernyh and E.A. Bonch-Osmolovskaya (1999) Thermoanaerobacter siderophilus sp. nov., a novel dissimilatory Fe(III)-reducing, anaerobic, thermophilic bacterium. // Int. J. Syst. Bacteriol. V 49. P. 1471-1478.

8. Slobodkin A., Campbell B., Cary S.C., Bonch-Osmolovskaya E., Jeanthon C. (2001) Evidence for the presence of thermophilic Fe(III)-reducing microorganisms in deep-sea hydrothermal vents at 13°N (East Pacific Rise). // FEMS Microbiol. Ecol. V. 36.P. 235-243.

9. Zavarzina D.G., Tourova T.P., Kuznetsov B.B., Bonch-Osmolovskaya E.A., Slobodkin A. I. (2002) Thermovenabulum ferriorganovorum gen. nov., sp. nov., a novel thermophilic, anaerobic, endospore-forming bacterium. // Int. J. Syst. Evol. Microbiol. V. 52. P. 1737-1743.

10. Гаврилов С.Н., Бонч-Осмоловская Е.А., Слободкин А.И. (2003) Физиология органотрофного и литотрофного роста термофильных железовосстанавливающих бактерий Thermoterrabacterium ferrireducens и Thermoanaerobacter siderophilus. // Микробиология. Т. 72. С. 161-167.

11. Slobodkin A.I., Tourova T.P, Kostrikina N.A, Chernyh N.A., Bonch-Osmolovskaya E.A., Jeanthon C. and Jones B.E. (2003) Tepidibacter thalassicus gen. nov., sp. nov., a novel moderately thermophilic, anaerobic, fermentative bacterium from a deep-sea hydrothermal vent. // Int. J. Syst. Evol. Microbiol. V. 53. P. 1131-1134.

12. Miroshnichenko M.L., Slobodkin A.I., Kostrikina N.A., L´Haridon S., Nercessian O., Spring S., Stackebrandt E., Bonch-Osmolovskaya E.A. and Jeanthon C. (2003) Deferribacter abyssi sp. nov., an anaerobic thermophile from deep-sea hydrothermal vents of the Mid-Atlantic Ridge. // Int. J. Syst. Evol. Microbiol. V. 53. P. 637-1641.

13. Слободкин А.И., Чистякова Н.И., Русаков В.С. (2004) Высокотемпературная микробная сульфатредукция может сопровождаться образованием магнетита. // Микробиология. Т. 73. С. 553-557.

14. Слободкина Г.Б., Слободкин А.И., Турова Т.П., Кострикина Н.А., Бонч-Осмоловская Е.А. (2004) Обнаружение культивируемой гипертермофильной археи рода Sulfophobococcus в метантенке, работающем в термофильном режиме. // Микробиология. Т. 73. С. 716-720.

15. Slobodkina G.B., Chernyh N.A., Slobodkin A.I., Subbotina I.V., Bonch-Osmolovskaya E.A., Lebedinsky A.V. (2004) PCR-based identification of hyperthermophilic archaea of the family Thermococcaceae. // Appl. Environ. Microbiol. V. 70. P. 5701-5703.

16. Chistyakova N.I., Rusakov V.S., Zavarzina D.G., Slobodkin A.I., Gorohova T.V. (2004) Mössbauer study of magnetite formation by iron- and sulfate-reducing bacteria. // Hyperfine Interactions V. 156/157. P. 411-415.

17. Toffin L., Bidault A., Pignet P., Tindall B.J., Slobodkin A., Kato C., Prieur D. (2004) Shewanella profunda sp. nov., isolated from deep marine sediment of the Nankai Trough. // Int. J. Syst. Evol. Microbiol. V. 54. P. 1943-1949.

18. Khijniak T.V., Slobodkin A.I., Coker V., Renshaw J. C., Livens F.R., Bonch-Osmolovskaya E.A., Birkeland N.-K., Medvedeva-Lyalikova N.N., Lloyd J.R. (2005). Reduction of uranium(VI) phosphate during growth of the thermophilic bacterium Thermoterrabacterium ferrireducens. // Appl Environ Microbiol V. 71. P. 6423-6426.

19. Chistyakova N.I., Rusakov V.S., Zavarzina D.G., Gorohova T.V., Slobodkin A.I. (2005) Mössbauer spectroscopy in studying magnetite formed by iron- and sulfate-reducing bacteria. // Czechoslovak Journal of Physics V. 55. P. 781-790.

20. Чистякова Н.И., Русаков В.С., Слободкин А.И., Горохова Т.В. (2005) Мёссбауэровские исследования процессов образования магнетита сульфатвосстанавливающей архебактерией. // Известия РАН. Серия физическая. Т. 69. С. 1539-1543.

21. Голованов Д.Л., Верба М.П., Дорохова М.Ф., Слободкин А.И. (2005) Микроморфологическая и микробиологическая диагностика почвообразовательных процессов в пустынных почвах Монголии для целей их классификации. // Почвоведение №12, С. 1450-1460.

22. Slobodkin A.I., Tourova T.P., Kostrikina N.A., Lysenko A.M., German K.E., Bonch-Osmolovskaya E.A., Birkeland N.-K. (2006) Tepidimicrobium ferriphilum gen.nov., sp.nov., a novel moderately thermophilic, Fe(III)-reducing bacterium of the order Clostridiales. Int. J. Syst. Evol. Microbiol. V. 56. P. 369-372.

23. Slobodkin A.I., Sokolova T. G. Lysenko A.M., Wiegel J. (2006) Reclassification of Thermoterrabacterium ferrireducens as Carboxydothermus ferrireducens comb. nov., and emended description of the genus Carboxydothermus. Int. J. Syst. Evol. Microbiol. V. 56. P. 2349-2351.

24. Гаврилов С.Н., Слободкин А.И., Робб Ф.Т., Де Врис С. (2007) Характеристика мембраносвязанных Fe(III)-ЭДТА-редуктазных активностей термофильной грамположительной железовосстанавливающей бактерии Thermoterrabacterium ferrireducens. // Микробиология. Т. 76. С.164-171.

25. Chernyh N.A., Gavrilov S.N., Sorokin V.V.,. German K.E., Sergeant C., Monique Simonoff M., Robb F., Slobodkin A.I. (2007) Characterization of Technetium(VII) Reduction by Cell Suspensions of Thermophilic Bacteria and Archaea. // Appl. Microbiol. Biotechnol. V. 76. P. 467-472.

26. Слободкина Г.Б., Бонч-Осмоловская Е.А., Слободкин А.И. (2007) Восстановление хромата, селенита, теллурита и железа(III) умеренно-термофильной бактерией Bacillus thermoamylovorans штамм SKC-1. // Микробиология. Т. 76. С. 602-607.

Обзоры

27. Слободкин А.И., Д.Г. Заварзина, Т.Г. Соколова, Е.А. Бонч-Осмоловская (1999) Диссимиляционное восстановление неорганических акцепторов электронов термофильными анаэробными прокариотами. // Микробиология. Т. 68. С. 600-622.

28. Бонч-Осмоловская Е.А., Мирошниченко М.Л., Соколова Т.Г., Слободкин А.И. (2004). Термофильные микробные сообщества: новые физиологические группы, новые местообитания. // Труды Института микробиологии им. С.Н. Виноградского. Выпуск XII. С. 29-40. Наука. Москва.

29. Слободкин А.И. (2005). Термофильная микробная металлоредукция. // Микробиология. Т. 74. С. 581-595.

Тезисы конференций

30. Slobodkin A., Reysenbach A-L., Wiegel J. Thermoterrabacterium ferrireducens gen. nov., sp. nov. and Clostridium glycerinum sp. nov. new anaerobic glycerol-utilizing thermophiles. Abstracts of International Conference on The Biology, Ecology and Biotechnology of Thermophilic Microorganisms. "Thermophiles´96", 4-9 September 1996, Athens, GA, USA. p. 117.

31. Slobodkin A., Wiegel J. Fe(III) Reduction with Oxidation of H2 by Enrichment Cultures of Thermophilic Microorganisms. Abstracts of International Conference on The Biology, Ecology and Biotechnology of Thermophilic Microorganisms."Thermophiles´96", 4-9 September 1996, Athens, GA, USA. p. 123.

32. Bonch-Osmolovskaya E., Miroshnichenko M., Sokolova T., Slobodkin A. Lithotrophic Thermophilic Anaerobes from Kamchatka Thermal Areas. Abstracts of International Conference "Thermophiles´98", 6-11 September 1998, Brest, France. p. B-O2.

33. Slobodkin A., Chernyh N., Kuznetsov B., Tourova T. Thermoanaerobacter siderophilus sp. nov. a Novel Dissimilatory Fe(III)-reducing Anaerobic Thermophilic Bacterium. Abstracts of International Conference "Thermophiles´98", 6-11 September 1998, Brest, France. p. B-P11.

34. Zavarzina D.G., Slobodkin A.I., Tourova T.P., and Bonch-Osmolovskaya E.A. Distribution and Diversity of Thermophilic Fe(III)-reducing Procaryotes in Terrestrial Hydrothermal Springs of Kamchatka and Kuril Islands. Abstracts of IX th International Congress of Bacteriology and Applied Microbiology, 16-20 August 1999, Sydney, Australia, p. 89

35. Bonch-Osmolovskaya E.A., Chernyh N.A., Miroshnichenko M.L., Slobodkin A.I., Sokolova T.G., Nazina T.N., Hippe H., Jeanthon C. Thermophilic and Hyperthermophilic Bacteria and Archaea from Deep Subsurface Oil Reservoir of Western Siberia. Abstracts of 4th International Symposium on Subsurface Microbiology, August 22-27, 2000, Vail, Colorado, USA, p. 56.

36. L’Haridon S., Bonch-Osmolovskaya E.A., Hippe H., Miroshnichenko M.L., Nazina T.N., Slobodkin A.I., Stackebrandt E., Jeanthon C. Enrichment, Isolatoin and Characterization of Thermophilic Microorganisms from a High Temperature Petroleum Reservoir in Western Siberia. Abstracts of the 3th International Congress on Extremophiles, September 3-7, 2000. Hamburg, Germany, p. 73

37. Jeanthon C., Bulygina E.A., Chernyh N.A., Corre E., Hippe H., Lebedinskii A.V., L’Haridon S., Lysov Y.P., Miroshnichenko M.L., Mirzabekov A.D., Nazina T.N., Nercessian O.G., Slobodkin A.I., Stackebrandt E., Bonch-Osmolovskaya E.A. Cultural and Molecular Diversity of Microbial Communities from a High Temperature Petroleum Reservoir in Western Siberia. Abstracts of the 3th International Congress on Extremophiles, September 3-7, 2000. Hamburg, Germany, pp. 49-50

38. Fedosov D.V., Gavrilov S.N., Bonch-Osmolovskaya E.A., Slobodkin A.I. Lithotrophic Growth and Metabolism of Dissimilatory Fe(III) reducing Thermophilic Anaerobic Bacteria. Abstracts of the 3th International Congress on Extremophiles, September 3-7, 2000. Hamburg, Germany, p. 136

39. Zavarzina D.G., Tourova T.P., Bonch-Osmolovskaya E.A., Slobodkin A.I. Thermovenabulum reducens gen. nov., sp. nov., a novel thermophilic anaerobic dissimilatory Fe(III)-reducing bacterium.Abstracts of the 3th International Congress on Extremophiles, September 3-7, 2000. Hamburg, Germany, p. 68

40. Slobodkin A.I., Campbell B., Cary S. C., Bonch-Osmolovskaya E.A., Jeanthon C. Enumeration and Phylogenetic Analysis of Thermophilic Dissimilatory Fe(III)-reducing Microorganisms in Deep-Sea Hydrothermal Vent Chimney of the East Pacific Rise. Abstracts of the 3th International Congress on Extremophiles, September 3-7, 2000. Hamburg, Germany, pp. 65-66

41. Slobodkin A.I., Gavrilov S.N., Zavarzina D.G., and Bonch-Osmolovskaya E.A. Distribution, Diversity, and Physiology of Thermophilic Iron(III)-Reducing Prokaryotes. Abstracts of International Conference “Thermophiles 2001” (Biology and Biotechnology of Thermophilic Microbes), December 3-7, 2001, New Delhi, India, p. 2.

42. Bonch-Osmolovskaya E.A., Miroshnichenko M.L., Sokolova T.G., ., Zavarzina D.G., and Slobodkin A.I. Novel Anaerobic Lithotrophic Thermophilic Prokaryotes from Terrestrial and Deep-Sea Volcanic Habitats. Abstracts of International Conference “Thermophiles 2001” (Biology and Biotechnology of Thermophilic Microbes), December 3-7, 2001, New Delhi, India, p. 3.

43. Slobodkin A.I., Tourova T.P., Kostrikina N.A., Chernych N.A., Bonch-Osmolovskaya E.A., Jeanthon C., Jones B.E. Tepidibacter thalassicus gen. nov., sp. nov., a novel moderately thermophilic, anaerobic, fermentative bacterium from deep-sea hydrothermal vent .Abstracts of the 4 th International Congress on Extremophiles, September 22-26, 2002, Naples, Italy, p. 180

44. Gavrilov S.N., Bonch-Osmolovskaya E.A., Slobodkin A.I. Cr(VI) reduction by anaerobic thermophilic Bacteria. Abstracts of the 4 th International Congress on Extremophiles, September 22-26, 2002, Naples, Italy, p. 377

45. Slobodkina G.B., Subbotina I.V., Lebedinskii A.V., Slobodkin A.I., Bonch-Osmolovskaya E.A., Chernych N.A. PCR-based detection and identification of hyperthermophilic Archaea of the family Thermococcaceae. Abstracts of the 4 th International Congress on Extremophiles, September 22-26, 2002, Naples, Italy, p. 181

46. Bonch-Osmolovskaya E.A., Mirochnichenko M.L., Zavarzina D.G., Sokolova T.G., Slobodkin A.I. Metabolic diversity of anaerobic moderately thermophilic bacteria from terrestrial and deep-sea volcanic habitats. Abstracts of the 1st FEMS Congress of European Microbiologist, June 29 - July 3, 2003, Ljubljana, Slovenia, p. 41

47. Gavrilov S.N., Slobodkin A.I., Bonch-Osmolovskaya E.A. Reduction of Cr(VI) and U(VI) by anaerobic thermophilic bacteria. Abstracts of the 1st FEMS Congress of European Microbiologist, June 29 - July 3, 2003, Ljubljana, Slovenia, p. 330

48. Слободкин А.И., Чистякова Н.И., Русаков В.С., Бонч-Осмоловская Е.А. Образование магнетита из аморфного оксида железа (III) при восстановлении сульфата гипертермофильной архебактерией Archaeoglobus fulgidus. Биоразнообразие и функционирование микробных сообществ водных и наземных систем Центральной Азии. Материалы Всеросийской конференции. г. Улан-Удэ. Издательство БГСХА 2003 г. с. 115-117

49. Чистякова Н.И., Заварзина Д.Г., Русаков В.С., Слободкин А.И., Горохова Т.В. Мёссбауэровские исследования процессов синтеза магнетита железо- и сульфат- восстанавливающими бактериями. // Выездная секция по проблемам магнетизма в магнитных пленках, малых частицах и наноструктурных объектах: Труды международного семинара. Астрахань: Изд-во Астраханского гос. Ун-та. 2003. С.84-85.

50. Slobodkin A.I., Chistyakova N.I., Rusakov V.S., Bonch-Osmolovskaya E.A. Formation of magnetite from amorphous Fe(III) oxide during sulfate reduction by hyperthermophilic archaebacterium Archaeoglobus fulgidus. // Abstracts of 16th International Symposium on Environmental Biogeochemistry. September 1-6, 2003. Oirase in Towada Hachimantai N.P., Aomori Prefecture, Japan, p. 125.

51. Chistyakova N.I., Rusakov V.S., Zavarzina D.G., Slobodkin A.I., Gorohova T.V. Mossbauer study of magnetite formation by iron- and sulfate-reducing bacteria. // Abstracts of International Conference on the Application of the Mossbauer Effect. 21-25 September 2003. Muscat, Sultanate of Oman.

52. Gavrilov S.N., Slobodkin A.I., Bonch-Osmolovskaya E.A., de Vries S., Robb F. Characterization of membrane-bound Fe(III) reductase activities from thermophilic gram- positive dissimilatory iron-reducing bacterium Thermoterrabacterium ferrireducens // Abstracts of 5th International Conference on Extremophiles. September 19-23, 2004. Cambridge, Marylend, USA. P. 111.

53. Slobodkin A. Reduction of radionuclides by thermophilic bacteria. // Abstracts of 8th International Conference on Thermophiles Research. September 18-22, 2005. Gold Coast, Australia. P. 55.

54. Gavrilov S.N., German K.E., Bonch-Osmolovskaya E.A., Slobodkin A.I. Reductive precipitation of technetium by a thermophilic gramtype positive dissimilatory Fe(III)-reducer Thermoterrabacterium ferrireducens // Abstracts of 2nd FEMS Congress of European Microbiologists. July 4-8, 2006. Madrid. Spain. P. 167.

55. Slobodkina G.B., Slobodkin A.I., Bonch-Osmolovskaya E.A. Isolation and characteristics of chromate-reducing moderately thermophilic bacterium Bacillus thermoamylovorans strain SKC1. // Abstracts of 2nd FEMS Congress of European Microbiologists. July 4-8, 2006. Madrid. Spain. P. 81.

56. Slobodkin A.I., Slobodkina G.B., Bonch-Osmolovskaya E.A. Novel thermophilic Fe(III)-reducing, radiation-resistant bacteria of the order Clostridiales. // Abstracts of 2nd FEMS Congress of European Microbiologists. July 4-8, 2006. Madrid. Spain. P. 81.

57. Gavrilov S.N., Kostrikina N.A., Bonch-Osmolovskaya E.A., Slobodkin A.I. Physiological strategies for Fe(III) oxide reduction by a thermophilic bacterium Carboxydothermus ferrireducens. // Abstracts of 9th International Conference on Thermophiles Research. September 24-27, 2007. Bergen, Norway. P. 143.