1. Установлена полнота и эффективность метода гибридизационного сравнения геномов путем прямого сопоставления результатов секвенирования близкородственных прокариотических геномов (на 99%) и результатов их вычитающей гибридизации. Установлена эффективность метода гибридизационного сравнения эукариотических транскриптомов.
2. Предложен и реализован принципиально новый метод определения аллельного состояния полиморфных локусов, основанный на использовании термостабильной дуплекс-специфичной нуклеазы с уникальными свойствами.
3. Предложен и реализован новый алгоритм проведения исследования и анализа результатов ПЦР «в реальном времени», основанный на двойном считывании уровня флуоресценции при разных температурах в ходе одного цикла реакции, повышающий точность исследования в 3 раза в сравнении с традиционно применяемым подходом.
4. Предложена и реализована технология детекции однонуклеотидных полиморфизмов с использованием нескольких флуоресцентно-меченых аллель-специфичных праймеров в одной реакции за счет использования дополнительных кросс-мутаций, что повышает эффективность дифференцировки аллелей более чем в 2 раза.
5. Установлена точность метода ПЦР «в реальном времени» при проведении количественного исследования на примере определения процентного содержания генетически модифицированных ингредиентов (ГМИ) в пищевых продуктах и кормах.
Обзоры:
1. Кофиади И.А., Ребриков Д.В. Методы детекции олигонуклеотидных полиморфизмов:
аллель-специфичная ПЦР и гибридизация с олигонуклеотидной пробой // Генетика. –
2006. – Т. 42, № 1. – С. 22–32.
2. Ребриков Д.В., Трофимов Д.Ю. ПЦР «в реальном времени»: подходы к анализу
данных // Прикладная биохимия и микробиология. – 2006. – Т. 42, № 5. – С. 520–528.
Статьи:
3. Varfolomeev E.E., Schuchmann M., Luria V., Chiannilkulchai N., Beckmann J.S., Mett I.L.,
Rebrikov D., Brodianski V.M., Kemper O.C., Kollet O., Lapidot T., Soffer D., Sobe T.,
Avraham K.B., Goncharov T., Holtmann H., Lonai P., Wallach D. Targeted disruption of
the mouse Caspase 8 gene ablates cell death induction by the TNF receptors, Fas/Apo1, and
DR3 and is lethal prenatally // Immunity. – 1998. – Vol. 9. – P. 267–276.
4. Haselkorn R., Lapidus A., Kogan Y., Vlcek C., Paces J., Ulbrich P., Pacenkova T.,
Rebrikov D., Milgram A., Mazur M., Cox R., Kyrpides N., Ivanova N., Kapatral V., Los T.,
Lykidis A., Mikhailova N., Reznik G., Vasieva O., Fonstein M. The Rhodobacter
capsulatus genome // Photosynthesis Research. – 2001. – Vol. 70. – P. 43–52.
5. Shagin D.A., Rebrikov D.V., Kozhemyako V.B., Altshuler I.M., Shcheglov A.S.,
Zhulidov P.A., Bogdanova E.A., Staroverov D.B., Rasskazov V.A., Lukyanov S. A novel
method for SNP detection using a new duplex-specific nuclease from crab hepatopancreas //
Genome Research. – 2002. – Vol. 12. – P. 1935–1942.
6. Ребриков Д.В., Коган Я.Н. Применение супрессионной вычитающей гибридизации
для поиска штаммоспецифичных последовательностей в бактериальных геномах //
Генетика. – 2003. – Т. 39, № 10. – С. 1317–1321.
7. Кислицын Ю.А., Ребриков Д.В., Дунаевский Я.Е., Руденская Г.Н. Выделение и
первичная структура трипсина камчатского краба Paralithodes camtschaticus //
Биоорганическая химия. – 2003. – Т. 29, № 3. – С. 269–276.
8. Rebrikov D.V., Desai S.M., Siebert P.D., Lukyanov S.A. Suppression subtractive
hybridization // Methods Mol. Biol. – 2004. – Vol. 258. – P. 107–134.
9. Анисимова В.Е., Ребриков Д.В., Жулидов П.А., Староверов Д.Б., Лукьянов С.А.,
Щеглов А.С. Ренатурация, активация и практическое использование рекомбинантной
дуплекс-специфичной нуклеазы камчатского краба // Биохимия. – 2006. – Т. 71, № 5. –
С. 513–519.
10. Абрамов Д.Д., Трофимов Д.Ю., Ребриков Д.В. Точность метода полимеразной цепной
реакции «в реальном времени» при определении содержания генетически
модифицированных источников в пищевых продуктах // Прикладная биохимия и
микробиология. – 2006. – Т. 42, № 4. – С. 485–488.
11. Боринская С.А., Ребриков Д.В., Нефёдова В.В., Кофиади И.А., Соколова М.В.,
Колчина Е.В., Куликова Е.А., Чернышов В.Н., Куцев С.И., Полонников А.В.,
Иванов В.П., Козлов А.И., Янковский Н.К. Молекулярная диагностика и
распространенность первичной гиполактазии в популяциях россии и сопредельных
стран // Молекулярная биология. – 2006. – Т. 40, № 6. – С. 931–935.
12. Ребриков Д.В., Степанова Е.В., Королева О.В., Бударина Ж.И., Захарова М.В.,
Юркова Т.В., Солонин А.С., Белова О.В., Пожидаева З.А., Леонтьевский А.А. Лакказа
лигнолитического гриба Trametes hirsuta: очистка и характеристика фермента,
клонирование и определение первичной структуры гена // Прикладная биохимия и
микробиология. – 2006. – Т. 42, № 6. – С. 645–653.
13. Кофиади И.А., Ребриков Д.В., Трофимов Д.Ю., Алексеев Л.П., Хаитов Р.М.
Распределение аллелей генов CCR5, CCR2 И SDF1, ассоциированных с
устойчивостью к ВИЧ-инфекции, в российских популяциях // Доклады Академии
Наук. – 2007. – Т. 415, № 6. – С. 842–845.
14. Кофиади И.А., Ребриков Д.В., Трофимов Д.Ю., Алексеев Л.П., Хаитов Р.М.
Распределение ВИЧ-протективных аллелей генов CCR2, CCR5 и SDF1 в российских
популяциях // Иммунология. – 2007. – № 1. – С. 10–12.
15. Соколова М.В., Васильев Е.В., Козлов А.И., Ребриков Д.В., Сенкеева С.С.,
Кожекбаева Ж.М., Люндуп Н.С., Свечникова Н.С., Огурцов П.П., Хуснутдинова Э.К.,
Янковский Н.К., Боринская С.А. Полиморфизм C/T-13910 регуляторного участка гена
лактазы LCT и распростораненность гиполактазии в популяциях Евразии //
Экологическая генетика. – 2007. – Т. 5, № 3. – С. 26–35.
16. Черноусов А.Д., Петрова Т.В., Пичугина Л.В., Литвина М.М., Донецкова А.Д.,
Кофиади И.А., Ребриков Д.В., Апарин П.Г. Посттерапевтическая клеточная
латентность вируса иммунодефицита человека у пациента с исходной развернутой
картиной СПИДа // Иммунология. – 2007. – № 6. – С. 327–331.
17. Трофимов Д.Ю., Ребриков Д.В., Саматов Г.А., Семенов П.А., Балуев А.Б.,
Гончарова Е.В., Алексеев Л.П., Хаитов Р.М. Метод повышения точности ПЦР «в
реальном времени» // Доклады Академии Наук. – 2008. – Т.419, №3. – С. 421–424.
18. Стахов В.Л., Губин С.В., Максимович С.В., Ребриков Д.В., Савилова А.М.,
Кочкина Г.А., Озерская С.М., Иванушкина Н.Е., Воробьева Е.А. Микробные
сообщества с поверхности древних семян, извлеченных из многолетнемерзлых
отложений плейстоценового периода // Микробиология. – 2008. – Т. 77, № 3. – С. 396–
403.
Публикации в прочих изданиях:
Обзоры и монографии:
19. Rebrikov D.V, Desai S., Kogan Y.N., Thornton A.M., Diatchenko L. Subtractive cloning:
new genes for studying inflammatory disorders // Annal. Periodontol. – 2002. – Vol. 7. –
P. 17–29.
20. Rebrikov D.V, Kogan Y.N., Diatchenko L. SSH Subtractive Cloning: Comprehensive
Survey Of Genome Differences In Prokaryotes // DelVecchio V.G., Krcmery V., (eds.).
Applications of Genomics and Proteomics for Analysis of Bacterial Biological Warfare
Agents. – NATO Science Series, IOS Press, Amsterdam, Netherlands, 2003. – Vol. 352. –
P. 95–105.
21. Rebrikov D.V. Identification of Differential Genes by Suppression Subtractive
Hybridization // Dieffenbach C.W. Dveksler G.S., (eds.). PCR Primer. A Laboratory
Manual. Second Edition. – Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, New
York, USA, 2003. – P. 297–325.
Статьи:
22. Kogan Y., Cox R., Silkov E., Overbeek R., Rebrikov D., Maltsev N., Kumar V., Fedosova
V., Thomas Sh., Haselkorn R., Fonstein M. Rhodobacter capsulatus genome project. Half
Way Through. Microb. Compar. Genomics. – 1998. – Vol. 3. – P. 78–79.
23. Pegasova T.V., Zwart P., Koroleva O.V., Stepanova E.V., Rebrikov D.V., Lamzin V.S.
Crystallization and preliminary X-ray analysis of a four-copper laccase from Coriolus
hirsutus // Acta Crystallogr. D. Biol. Crystallogr. – 2003. – Vol. 59. – P. 1459–1461.
24. Rudenskaya G.N., Kislitsin Y.A., Rebrikov D.V. Collagenolytic serine protease PC and
trypsin PC from king crab Paralithodes camtschaticus: cDNA cloning and primary structure
of the enzymes // BMC Struct. Biol. – 2004. – Vol. 20. – P. e2.
25. Kozhemyako V.B., Rebrikov D.V., Lukyanov S.A., Bogdanova E.A., Marin A.,
Mazur A.K., Kovalchuk S.N., Agafonova E.V., Sova V.V., Elyakova L.A., Rasskazov V.A.
Molecular cloning and characterization of an endo-1,3-beta-D-glucanase from the mollusk
Spisula sachalinensis // Comp. Biochem. Physiol. B. Biochem. Mol. Biol. – 2004. –
Vol. 137. – P. 169–178.
26. Semenova S.A., Rudenskaya G.N., Rebrikov D.V., Isaev V.A. cDNA cloning, purification
and properties of Paralithodes camtschaticus metalloprotease. Protein Pept. Lett. – 2006. –
Vol. 13. – P. 571–575.
27. Kozlov A., Borinskaya S., Vershubsky G., Vasilyev E., Popov V., Sokolova M., Sanina E.,
Kaljina N., Rebrikov D., Lisitsyn D., Yankovsky N. Genes related to the metabolism of
nutrients in the Kola Sami population // Int. J. Circumpolar. Health. – 2008. – Vol. 67. –
P. 56–66.
28. Anisimova V.E., Rebrikov D.V., Shagin D.A., Kozhemyako V.B., Menzorova N.I.,
Staroverov D.B., Ziganshin R., Vagner L.L., Rasskazov V.A., Lukyanov S.A.,
Shcheglov A.S. Isolation, characterization and molecular cloning of Duplex-Specific
Nuclease from the hepatopancreas of the Kamchatka crab // BMC Biochem. – 2008. –
Vol. 9. – P. e14.
Материалы всероссийских и международных конференций за последние 3 года:
29. Ребриков Д.В. Варианты детекции продуктов ПЦР «в реальном времени». Третий
съезд общества биотехнологов России им. Ю.А.Овчинникова, Москва, Россия, 2005.
30. Ребриков Д.В. ПЦР-диагностика инфекционных заболеваний а полевых условиях.
Симпозиум «Молекулярная диагностика» II-й Международной конференции
«Молекулярная медицина и биобезопасность», Москва, Россия, 2005.
31. Кофиади И.А., Морозова С.А., Ребриков Д.В. Частоты аллелей генов CCR5, CCR2 и
SDF1, ассоциированных с устойчивостью к ВИЧ-инфекции у россиян.
Международная Конференция «Генетика в России и мире», Москва, Россия, 2006.
32. M.Sokolova, I.Kofiadi, D.Rebrikov, T.Borodina, A.Kozlov, S.Borinskaya, N.Yankovsky.
DNA diagnostics of adult-type hypolactasia in populations of Russia and neighboring
countries. Human Genome Meeting, Helsinki, Finland, 2006.
33. Кофиади И.А., Морозова С.А., Ребриков Д.В. Распределение ВИЧ-протективных
аллелей генов CCR5, CCR2 и SDF1 у россиян. VI Съезд аллергологов и иммунологов
СНГ, Москва, Россия, 2006.
34. I.A.Kofiadi, D.Yu.Trofimov, D.V.Rebrikov. Genetic susceptibility to HIV-1 infection in
Russian populations. 21st EFI Conference, Barcelona, Spain, 2007
35. Ребриков Д.В., Кофиади И.А., Алексеев Л.П., Хаитов Р.М. Полиморфизм генов CCR5,
CCR2 И SDF1, ассоциированных с устойчивостью к ВИЧ – инфекции, среди
этнических групп, проживающих на территории России и сопредельных государств.
XI Всероссийский научный Форум «Дни иммунологии в Санкт-Петербурге», Санкт-
Петербур, Россия, 2007.
36. Турчанинова М.А., Ребриков Д.В. Профиль внеклеточных РНК в плазме при
аллергической реакции. VIII Конгресс «Современные проблемы аллергологии,
иммунологии и иммунофармакологии», Москва, Россия, 2007.
37. Кофиади И.А., Ребриков Д.В., Трофимов Д.Ю., Алексеев Л.П., Хаитов Р.М. Анализ
распространения ВИЧ-протективных аллелей среди этнических групп, проживающих
на территории России и сопредельных государств. VIII Конгресс «Современные
проблемы аллергологии, иммунологии и иммунофармакологии», Москва, Россия,
2007.
38. M.Turchaninova, D.Rebrikov. Circulating Nucleic Acids as Potential Biomarker of Allergic
Reactions. Fifth International Conference on Circulating Nucleic Acids in Plasma/Serum,
Moscow, Russia, 2007.
39. В.В.Ильинский, Д.В.Ребриков, А.Б.Шипунов. Гетерогенность среди видов ольхи
(Alnus mill., Betulaceae) севера России: комбинированный подход. Конференция
«Вычислительная филогенетика и геносистематика», Москва, Россия, 2007.
40. M.Turchaninova, D.Rebrikov. Circulating Nucleic Acids in Plasma. 2nd Immunodiagnostics
& Immunomonitoring Conference, Washington DC, USA, 2007.
41. Turchaninova M.A., Rebrikov D.V. Characterization of Some Cytokines Gene Expression
Profile in the Plasma of Patients with Immunological Disorders. 6th Annual
Cytokines&Inflammation Conference, Orlando, USA, 2008.
42. Kofiadi I.A., Rebrikov D.V. Genetic susceptibility to HIV in Russian and neighbouring
populations. The Second Eastern Europe and Central Asia AIDS Conference (EECAAC),
Moscow, Russia, 2008.