Научная тема: «ЭПИГЕНЕТИЧЕСКИЕ МОДИФИКАЦИИ ГЕНОМА В ЭМБРИОНАЛЬНОМ ПЕРИОДЕ ОНТОГЕНЕЗА ЧЕЛОВЕКА»
Специальность: 03.00.15
Год: 2008
Отрасль науки: Биологические науки
Основные научные положения, сформулированные автором на основании проведенных исследований:

1. Предложена классификация эпимутаций импринтированных генов, учиты-вающая стадии онтогенеза, на которых возможно возникновение нарушений метилирования, спектр функционально значимых эпигенетических модифи-каций, а также число затрагиваемых импринтированных локусов.

2. Нарушение функций импринтированных генов при патологии эмбриональ-ного развития человека связано с изменениями дифференциального характе-ра метилирования их регуляторных областей. Возникновение эпимутаций обусловлено аномалиями поддержания геномного импринтинга в соматиче-ских клетках эмбрионов на постимплантационных этапах онтогенеза.

3. Однородительская дисомия хромосом 2, 9, 11, 15, 16, 19, 20 и 21 не вносит заметного вклада во внутриутробную гибель эмбрионов человека с нормаль-ным хромосомным набором.

4. Индукция хромосомного нерасхождения в клетках эмбрионов с нормальным кариотипом ассоциирована с аберрантным метилированием промоторных регионов генов, вовлеченных в регуляцию клеточного цикла. Возникновение эпимутаций приходится на преимплантационный период развития и связано с нарушением деметилирования родительских геномов при их эпигенетиче-ском репрограммировании.

5. Аномальное метилирование генов контроля клеточного цикла на постим-плантационных этапах развития сопровождает коррекцию анеуплоидии мей-отического происхождения с возникновением хромосомного мозаицизма.

6. Мутационный процесс в тетрануклеотидных повторяющихся последователь-ностях ДНК в половых клетках родителей не оказывает заметного влияния на нарушение эмбрионального развития потомства, тогда как в клетках внут-риутробно погибших эмбрионов с нормальным хромосомным набором обна-руживаются мутации микросателлитных последовательностей ДНК постзи-готического происхождения.

7. Контаминация культур эмбриональных фибробластов клетками материнско-го организма оказывает влияние на частоту регистрируемых аномалий ка-риотипа и на величину показателя «соотношение полов» в группе внутриут-робно погибших эмбрионов с нормальным хромосомным набором.

Список опубликованных работ
1. Лебедев И.Н., Никитина Т.В., Суханова Н.Н., Назаренко С.А. Ранняя эмбрио-нальная гибель: реальные масштабы мозаичных форм аномалий кариотипа // Молекулярно-биологические технологии в медицинской практике. Новоси-бирск: Издательский дом «Манускрипт». 2001. Вып. 1. С. 49-57.

2. Островерхова Н.В., Назаренко С.А., Лебедев И.Н., Черемных А.Д., Никити-на Т.В., Суханова Н.Н. Детекция анеуплоидии у спонтанных абортусов ме-тодом сравнительной геномной гибридизации // Генетика. 2002. Т. 38. № 12. С. 1435-1442.

3. Суханова Н.Н., Лебедев И.H., Никитина Т.В., Саженова Е.А., Назаренко C.A. Структура хромосомных нарушений у 552 спонтанных абортусов Томской по-пуляции // Медицинская генетика. 2002. № 6. С. 271-276.

4. Лебедев И.Н., Назаренко С.А. Современные технологии молекулярной цитоге-нетики в диагностике хромосомных болезней человека // Молекулярно-биологические технологии в медицинской практике. Новосибирск: «Альфа-Виста». 2002. Вып. 2. С. 74-88.

5. Lebedev I.N., Ostroverkhova N.V., Nazarenko S.A. Molecular cytogenetic analysis of cell culture failures by interphase FISH: a new data about chromosomal abnormali-ties in human spontaneous abortions // Third Euroconference on Quantitative Mo-lecular Cytogenetics. Stockholm. 2002. P. 190-195.

6. Lebedev I.N., Ostroverkhova N.V., Nazarenko S.A. The incidence of confined pla-cental mosaicism in non-cultured cells of human spontaneous abortions // Eur. J. Hum. Genet. 2002. V. 10. Suppl. 1. P. 0948.

7. Ostroverkhova N.V., Nazarenko S.A., Lebedev I.N., Cheremnykh A.D. Detection of chromosomal aneuploidy in spontaneous abortions using comparative genomic hy-bridization (CGH) // Eur. J. Hum. Genet. 2002. V. 10. Suppl. 1. P. 0095.

8. Лебедев И.Н., Назаренко С.А. Эпигенетические модификации генома и рак // Молекулярно-биологические технологии в медицинской практике. Новоси-бирск: «Альфа-Виста». 2003. Вып. 4. С. 150-157.

9. Nazarenko S.A., Nikitina T.V., Lebedev I.N., Sukhanova N.N., Sazhenova E.A., Nazarenko M.S., Beljaeva A.Yu. Molecular evaluation of maternal cell contamina-tion in spontaneous abortions cultured cells // Am. J. Hum. Genet. 2003. V. 73. P. 306.

10. Lebedev I.N., Ostroverkhova N.V., Nikitina T.V., Sukhanova N.N., Nazarenko S.A. Features of chromosomal abnormalities in spontaneous abortion cell culture failures de-tected by interphase FISH analysis // Eur. J. Hum. Genet. 2004. V. 12. № 7. P. 513-520.

11. Лебедев И.Н., Назаренко С.А. Особенности фенотипической экспрессии ауто-сомных моносомий при патологии постимплантационного развития человека // Онтогенез. 2004. Т. 35. № 1. С. 53-60.

12. Никитина Т.В., Лебедев И.Н., Суханова Н.Н., Саженова Е.А., Назаренко C.A. Контаминация культур фибробластов спонтанных абортусов клетками матери: значение для цитогенетического анализа причин эмбриональной летальности // Генетика. 2004. Т. 40. № 7. С. 800-809.

13. Никитина Т.В., Саженова Е.А., Суханова Н.Н., Лебедев И.Н., Назаренко C.A. Оценка роли однородительской дисомии в ранней эмбриональной летальности человека // Онтогенез. 2004. Т. 35. № 4. С. 238-246.

14. Лебедев И.Н., Назаренко С.А. Эпигенетические факторы нестабильности гено-ма при патологии пренатального развития человека // Генетика человека и па-тология. Томск: «Печатная мануфактура». 2004. Вып. 7. С. 102-107.

15. Nazarenko S.A., Nikitina T.V., Lebedev I.N. A model for evaluation of maternal cell contamination in spontaneous abortions cultured cells: significance for cytogenetic analysis of prenatal selection factors // Eur. J. Hum. Genet. 2004. V. 12. Suppl. 1. P. 121.

16. Nikitina T.V., Lebedev I.N., Sukhanova N.N., Sazhenova E.A., Nazarenko S.A. A mathematical model for evaluation of maternal cell contamination in cultured cells from spontaneous abortions: significance for cytogenetic analysis of prenatal selec-tion factors // Fertility Sterility. 2005. V. 83. № 4. P. 964-972.

17. Никитина Т.В., Лебедев И.Н., Суханова Н.Н., Назаренко С.А. Гаметические му-тации тетрануклеотидных повторов ДНК в норме и патологии раннего периода онтогенеза человека // Генетика. 2005. Т. 41. № 7. С. 770-778.

18. Лебедев И.Н., Черемных А.Д., Назаренко С.А., Светлаков А.В. Полногеномная амплификация ДНК: современные достижения и перспективы использования в преимплантационной генетической диагностике // Проблемы репродукции. 2005. Т. 5. С. 60-67.

19. Лебедев И.Н., Никитина Т.В., Суханова Н.Н., Токарева А.Г., Назаренко С.А. Пренатальный отбор у человека: возможная роль эпигенетических нарушений в индукции нестабильности генома // Материалы III Международной конферен-ции «Проблема вида и видообразования». Томск. 2005. С. 300-313.

20. Назаренко С.А., Лебедев И.Н., Черемных А.Д. Современные технологии полно-геномной амплификации ДНК в преимплантационной генетической диагности-ке // Молекулярно-биологические технологии в медицинской практике. Ново-сибирск: «Альфа-Виста». 2005. Вып. 7. С. 200-215.

21. Sazhenova E.A., Kashevarova A.A., Lebedev I.N., Nazarenko S.A. Epigenetic status

of the SNRPN in human spontaneous abortions // Eur. J. Hum. Genet. 2005. V. 13. Suppl. 1. P. 239.

22. Лебедев И.Н., Кашеварова А.А., Саженова Е.А. Оценка статуса метилирования центра импринтинга хромосомы 15 при ранней эмбриолетальности у человека // Медицинская генетика. 2005. Т. 4. № 5. С. 217.

23. Черемных А.Д., Лебедев И.Н., Суханова Н.Н., Назаренко С.А. Применение ме-тода сравнительной геномной гибридизации в молекулярной цитогенетике че-ловека // Медицинская генетика. 2005. Т. 4. № 5. С. 288.

24. Маркова Е.В., Артюхова В.Г., Светлаков А.В., Лебедев И.Н., Черемных А.Д. Преимплантационная генетическая диагностика: современные подходы // Ма-териалы XV Международной конференции Российской ассоциации репродук-ции человека «Репродуктивные технологии сегодня и завтра». Чебоксары. 2005. С. 54-55.

25. Лебедев И.Н., Толмачёва Е.Н., Саженова Е.А., Светлаков А.В. Эпигенетические факторы риска вспомогательных репродуктивных технологий // Материалы XV Международной конференции Российской ассоциации репродукции человека «Репродуктивные технологии сегодня и завтра». Чебоксары. 2005. С. 59-60.

26. Lebedev I.N. Molecular cytogenetics of recurrent spontaneous abortions // Indian Journal of Medical Research. 2006. V. 124. P. 9-10.

27. Лебедев И.Н., Никитина Т.В., Токарева А.Г., Суханова Н.Н., Назаренко С.А. Патогенетические эффекты нестабильности эмбрионального генома в развитии человека // Информационный вестник ВОГИС. 2006. Т. 10. № 3. С. 520-529.

28. Лебедев И.Н., Черемных А.Д., Назаренко С.А. Сравнительная геномная гибри-дизация: возможности и перспективы применения в цитогенетике человека // Медицинская генетика. 2006. Т. 5. Прил. 1. С. 60-64.

29. Кашеварова А.А., Саженова Е.А., Лебедев И.Н., Назаренко С.А. Статус мети-лирования импринтированного гена SNRPN при ранней эмбриональной гибели у человека // Бюллетень СО РАМН. 2006. № 1 (119). С. 101-105.

30. Лебедев И.Н., Никитина Т.В., Назаренко С.А. Эпигенетические модификации генома и проблема внутриутробного естественного отбора у человека // Ноо-сферные знания и технологии: Сборник научных трудов. Томск: Изд-во НТЛ. 2006. Вып. 2. С. 93-105.

31. Lebedev I.N., Tolmacheva E.N., Sazhenova E.A., Kashevarova A.A. Chromosomal mosaicism, DNA methylation and embryolethality: a possible link between cytoge-netic and epigenetic factors in the etiology of embryo aneuploidy // Eur. J. Hum. Genet. 2006. V. 14. Suppl. 1. P. 92.

32. Tolmacheva E.N., Sazhenova E.A., Kashevarova A.A., Lebedev I.N. High frequency of RB1 aberrant methylation in spontaneous abortions with chromosomal mosaicism // Eur. J. Hum. Genet. 2006. V. 14. Suppl. 1. P. 176.

33. Kashevarova A.A., Tolmacheva E.N., Sazhenova E.A., Sukhanova N.N., Lebedev I.N. Retrospective FISH-analysis of tetraploidy in native extraembryonic tissues of first-trimester spontaneous abortions with 4n or mosaic 2n/4n karyotype after conven-tional cytogenetics // Eur. J. Hum. Genet. 2006. V. 14. Suppl. 1. P. 188.

34. Sazhenova E.A., Kashevarova A.A., Lebedev I.N., Nazarenko S.A. Search for im-printing center of chromosome 15 epimutations in human spontaneous abortions // Hum. Reprod. 2006. V. 21. Suppl. 1. P. i13-i14.

35. Lebedev I.N., Tolmacheva E.N., Sazhenova E.A., Kashevarova A.A. Epigenetic and cytogenetic mechanisms for chromosomal mosaicism arising in human spontaneous abortions // Hum. Reprod. 2006. V. 21. Suppl. 1. P. i14-i15.

36. Kashevarova A.A., Sukhanova N.N., Tolmacheva E.N., Sazhenova E.A., Lebedev I.N. Pathogenetic effects of tetraploid cells in the different extra-embryonic com-partments during early human embryo development // Hum. Reprod. 2006. V. 21. Suppl. 1. P. i171-i172.

37. Kashevarova A.A., Sukhanova N.N., Tolmacheva E.N., Sazhenova E.A., Lebedev I.N. Pathogenetic effects of tissue-specific abnormal cell line compartmentalization during human embryo development: a new insight for tetraploidy from interphase FISH // Third Marie Curie Conference on arrayCGH and Molecular Cytogenetics. 2006. V. 3. P. 140.

38. Tolmacheva E.N., Sazhenova E.A., Lebedev I.N., Kashevarova A.A. Tissue-specific cell line compartmentalization and aberrant RB1 methylation in first-trimester spon-taneous abortions with chromosomal mosaicism // Third Marie Curie Conference on arrayCGH and Molecular Cytogenetics. 2006. V. 3. P. 141.

39. Кашеварова А.А., Суханова Н.Н., Толмачёва Е.Н., Саженова Е.А., Лебедев И.Н. Ретроспективная молекулярно-цитогенетическая характеристика тетраплоидии при ранней эмбриолетальности у человека // Цитология. 2007. Т. 49. № 4. С. 322-328.

40. Лебедев И.Н., Пузырёв В.П. Эпигенетические аспекты безопасности вспомога-тельных репродуктивных технологий // Генетика. 2007. Т. 43. № 9. С. 1157-1171.

41. Лебедев И.Н. Современные молекулярно-цитогенетические технологии в ре-продуктивной биологии и медицине // Медицинская генетика. 2007. Т. 6. № 10. С. 21-26.

42. Кашеварова А.А., Суханова Н.Н., Толмачёва Е.Н., Саженова Е.А., Лебедев И.Н. Молекулярно-цитогенетическая характеристика хромосомного мозаицизма по трисомии 16 при ранней эмбриональной гибели у человека // Генетика человека и патология. Томск: «Печатная мануфактура». 2007. Вып. 8. С. 231-235.

43. Саженова Е.А., Лебедев И.Н. Анализ эпимутаций импринтированных локусов хромосомы 11 при ранней эмбриональной гибели у человека // Генетика чело-века и патология. Томск: «Печатная мануфактура». 2007. Вып. 8. С. 247-251.

44. Толмачёва Е.Н., Кашеварова А.А., Суханова Н.Н., Саженова Е.А., Лебедев И.Н. Эпигенетическая инактивация гена контроля клеточного цикла RB1 как фактор геномной нестабильности при ранней эмбриональной летальности у человека // Генетика человека и патология. Томск: «Печатная мануфактура». 2007. Вып. 8. С. 255-258.

45. Tolmacheva E.N., Kashevarova A.A., Lebedev I.N. Epigenetic background of chro-mosomal mosaicism in human miscarriages // Eur. J. Hum. Genet. 2007. V. 15. Suppl. 1. P. 107-108.

46. Lebedev I.N., Sazhenova E.A. Loss of methylation in imprinting control region KVLQT1OT in first-trimester spontaneous abortions // Eur. J. Hum. Genet. 2007. V. 15. Suppl. 1. P. 110.

47. Tolmacheva E.N., Kashevarova A.A., Lebedev I.N., Sazhenova E.A. Linkage be-tween cytogenetic and epigenetic instability in the embryogenesis // Hum. Reprod. 2007. V. 22. Suppl. 1. P. i9.

48. Sazhenova E.A., Lebedev I.N., Nazarenko S.A. Epimutations of KvDMR1 imprinting control region on chromosome 11 in first-trimester spontaneous abortions after non-ART pregnancies // Hum. Reprod. 2007. V.22. Suppl.1. P. i12-i13.

49. Kashevarova A.A., Tolmacheva E.N., Lebedev I.N. Epigenetic status of the G1/S checkpoints genes in miscarriages with chromosomal mosaicism // Cellular Oncol-ogy. 2007. V. 29. № 2. P. 125-126.

50. Лебедев И.Н., Толмачёва Е.Н., Кашеварова А.А. Эпигенетические аспекты этиологии хромосомного мозаицизма при патологии раннего эмбрионального развития человека // Сборник трудов III Международной конференции «Фун-даментальные науки – медицине». Новосибирск. 2007. С. 37.

51. Лебедев И.Н., Толмачёва Е.Н., Саженова Е.А., Кашеварова А.А. Эпигенетиче-ские аспекты патологии эмбрионального развития человека // Сборник трудов Международной молодежной научно-методической конференции «Проблемы молекулярной и клеточной биологии». Томск: Изд-во Томского государствен-ного университета. 2007. С. 108-109.

52. Суханова Н.Н., Никитина Т.В., Саженова Е.А., Толмачёва Е.Н., Кашеварова А.А., Назаренко С.А., Лебедев И.Н. Цитогенетическая характеристика хромо-сомных нарушений при ранней эмбриональной летальности // Молекулярно-биологические технологии в медицинской практике. Новосибирск: «Альфа-Виста Н». 2008. Вып. 12. С. 70-77.

53. Лебедев И.Н. Цитогенетика эмбрионального развития человека: исторические ас-пекты и современные концепции // Молекулярно-биологические технологии в ме-дицинской практике. Новосибирск: «Альфа-Виста Н». 2008. Вып. 12. С. 127-140.

54. Назаренко М.С., Пузырёв В.П., Лебедев И.Н. Полиморфизм систем эпигенети-ческой регуляции активности генов при патологии эмбрионального развития // Молекулярно-биологические технологии в медицинской практике. Новоси-бирск: «Альфа-Виста Н». 2008. Вып. 12. С. 141-150.

55. Саженова Е.А., Лебедев И.Н. Цитогенетические и эпигенетические аспекты пу-зырного заноса // Молекулярно-биологические технологии в медицинской практике. Новосибирск: «Альфа-Виста Н». 2008. Вып. 12. С. 151-161.

56. Lebedev I.N., Tolmacheva E.N., Kashevarova A.A., Sazhenova E.A. Chromosomal mosaicism and early embryo loss: a new insight from the epigenetic points of view // Cellular Oncology. 2008. V. 30. № 3. P. 262-263.

57. Lebedev I.N., Tolmacheva E.N., Kashevarova A.A., Sazhenova E.A. Epigenetics of human placenta: a new insight into etiology of chromosomal mosaicism // Hum. Re-prod. 2008. V. 23. Suppl. 1. P. i7-i8.

58. Tolmacheva E.N., Kashevarova A.A., Lebedev I.N. Evidence for epigenetic regulation of CDKN2A in human placenta // Eur. J. Hum. Genet. 2008. V. 16. Suppl. 2. P. 131.

59. Sazhenova E.A., Lebedev I.N., Eremeev A.V., Svetlakov A.V. Differential suscepti-bility of imprinted genes to epimutations under DNA demethylation influence // Eur. J. Hum. Genet. 2008. V. 16. Suppl. 2. P. 260.

60. Лебедев И.Н., Саженова Е.А. Болезни геномного импринтинга и ВРТ: роль на-следственных факторов или влияние технологий // Материалы международной научно-практической конференции «Иммунологические аспекты репродукции человека». Новосибирск. 2008. С. 62-64.

61. Саженова Е.А., Лебедев И.Н. Селективная значимость эпимутаций импринти-рованных генов в эмбриональном периоде развития человека // Материалы IV Съезда Российского общества биохимиков и молекулярных биологов. Новоси-бирск: Изд-во «Арта». 2008. С. 233.

62. Лебедев И.Н. Эпигенетическая регуляция активности генов при патологии эм-брионального развития человека // Материалы IV Съезда Российского общества биохимиков и молекулярных биологов. Новосибирск: Изд-во «Арта». 2008. С. 243.