Barinova N., Kuznedelov K., Severinov K., Kulbachinskiy A. 2008. Structural modules of RNA polymerase required for transcription from promoters containing downstream basal promoter element GGGA. J. Biol. Chem. 283: 22482-22489.
Пупов Д.В., Баринова Н.А., Кульбачинский А.В. 2008. Анализ РНК-расщепляющей активности РНК-полимераз E. coli и D. radiodurans. Биохимия т. 73: 903 – 908.
Barinova N., Zhilina E., Bass I., Nikiforov V., Kulbachinskiy A. 2008. Lineage-specific amino acid substitutions in region 2 of the RNA polymerase σ subunit affect the temperature of promoter opening. J. Bacteriol. 190: 3088-3092.
Kulbachinskiy A.V. Methods for selection of aptamers to protein targets. 2007. Biochemistry (Moscow) 72: 1505-1518.
Sevostyanova A, Feklistov A, Barinova N, Heyduk E, Bass I, Klimasauskas S, Heyduk T, Kulbachinskiy A. 2007. Specific recognition of the -10 promoter element by the free RNA polymerase sigma subunit. J. Biol. Chem. 282: 22033-22039.
Zenkin N., Kulbachinskiy A., Yuzenkova Y., Mustaev A., Bass I., Severinov K., Brodolin K. 2007. Region 1.2 of the RNA polymerase sigma subunit controls recognition of the -10 promoter element. EMBO J. 26: 955-964.
Feklistov A., Barinova N., Sevostyanova A., Heyduk E., Bass I., Vvedenskaya I., Kuznedelov K., Merkienė E., Stavrovskaya E., Klimašauskas S., Nikiforov V., Heyduk T., Severinov K., Kulbachinskiy A. 2006. A basal promoter element recognized by free RNA polymerase sigma subunit determines promoter recognition by RNA polymerase holoenzyme. Mol. Cell. 23: 97-107.
Kulbachinskiy A., Mustaev A. 2006. Region 3.2 of the sigma subunit contributes to the binding of the 3´-initiating nucleotide in the RNA polymerase active center and facilitates promoter clearance during initiation. J. Biol. Chem. 281: 18273-18276.
Кульбачинский А.В. 2006. Методы отбора аптамеров к белковым мишеням. Успехи биологической химии т. 46: 193-224.
Кульбачинский А.В., Никифоров В.Г., Бродолин К.Л. 2005. Различия контактов РНК-полимераз Е. соli и T. aquaticus с lacUV5-промотором определяются кор-ферментом РНК-полимеразы. Биохимия т. 70: 1493 – 1497.
Zenkin N., Kulbachinskiy A., Bass I., Nikiforov V. 2005. Different rifampin sensitivities of Escherichia coli and Mycobacterium tuberculosis RNA polymerases are not explained by the difference in the beta-subunit rifampin regions I and II. Antimicrob. Agents Chemother. 49: 1587-1590.
Kulbachinskiy A., Feklistov A., Krasheninnikov I., Goldfarb A., Nikiforov V. 2004. Aptamers to E. coli core RNA polymerase that sense its interaction with rifampicin, σ subunit and GreB. Eur. J. Biochem. 271: 4921-4931.
Kulbachinskiy A., Bass I., Bogdanova E., Goldfarb A., Nikiforov V. 2004. Cold sensitivity of thermophilic and mesophilic RNA polymerases. J. Bacteriol. 186: 7818-7820.
Кульбачинский А.В., Ершова Г.В., Коржева Н.В., Бродолин К.Л., Никифоров В.Г.. 2002. Мутации в β’-субъединице РНК-полимеразы Esherichia coli, влияющие на взаимодействие с передним дуплексом ДНК в элонгационном комплексе. Генетика т. 38: 1207-1211.
Kulbachinskiy A., Mustaev A., Goldfarb A., Nikiforov V. 1999. Interaction with free beta´ subunit unmasks DNA-binding domain of RNA polymerase sigma subunit. FEBS Lett. 454: 71-74.
Материалы всероссийских и международных конференций:
Kulbachinskiy A., Pupov D., Barinova N. “Analysis of promoter recognition by bacterial RNA polymerase using model DNA substrates.” XX International Congress of Genetics. “Genetics – understanding living systems”. July 12-17, 2008, Berlin, Germany.
Миропольская Н.А., Кульбачинский А.В. «РНК-полимераза как молекулярная машина: поиск структурных элементов фермента, определяющих скорость транскрипции.» 1-й Международный форум по нанотехнологиям. 3-5 декабря 2008 г., Москва, Россия.
Кульбачинский А.В., Пупов Д.В., Баринова Н.А. «Исследование структуры РНК-полимеразы и механизмов узнавания промоторов при помощи аптамеров.» IV Съезд Российского общества биохимиков и молекулярных биологов. 11-15 мая 2008 г., Новосибирск, Россия.
Barinova N., Klimašauskas S., Nikiforov V., Kulbachinskiy A., Artsimovitch I. “Comparison of mesophilic and thermophilic RNA polymerases reveals a structural element controlling catalysis allosterically”. FASEB Summer Research Conference "Mechanisms & Regulation of Prokaryotic Transcription". June 23-28, 2007, Vermont Academy in Saxtons River, Vermont, USA..
Epshtein V., Kulbachinskiy A., Nikiforov V., Mustaev A. “Catalytic mechanism of transcription initiation”. FASEB Summer Research Conference "Mechanisms & Regulation of Prokaryotic Transcription". June 23-28, 2007, Vermont Academy in Saxtons River, Vermont, USA.
Кульбачинский А. «Роль сигма-субъединицы РНК-полимеразы в связывании инициаторных нуклеотидов и в уходе с промотора при инициации транскрипции.» 8-я Международная конференция им. Энгельгардта по молекулярной биологии. «РНК-белковые взаимодействия». 19-24 августа 2006 г., Москва, Россия.
Feklistov A., Kulbachinsky A., Nikiforov V. “DNA aptamers unveil sequence specificity of free sigma factor.” FASEB Summer Research Conference "Nucleic Acids Enzymes". June 12 - June 17, 2004, Vermont Academy in Saxtons River, Vermont, USA.
Ивановская М.Г., Анцыпович С.И., Рудакова Е.А., Кульбачинский А.В. «Взаимодействие РНК-полимеразы E. coli с олигонуклеотидами-фрагментами lacUV5-промотора». III Съезд Российского общества биохимиков и молекулярных биологов. 26 июня – 1 июля 2002 г., Санкт-Петербург, Россия.
Korzheva N., Mustaev A., Kuznedelov K., Severinov K., Kulbachinskiy A., Kozlov M., Malhotra A., Nikiforov V., Goldfarb A., Darst S. “DNA and RNA-protein contacts in transcription elongation complex.” 17th Annual meeting of the French Biophysical Society «Nucleic acid recognition by enzymes. The case of DNA-dependent polymerases». September 13 – 16, 2000, Nouan-le-Fuzelier, France.
Brodolin K.L., Zaychikov E., Denissova L., Heumann H., Kulbachinsky A., Nikiforov V. “Contacts of RNA polymerase with transcription bubble in open promoter complex.” 17th Annual meeting of the French Biophysical Society «Nucleic acid recognition by enzymes. The case of DNA-dependent polymerases». September 13 – 16, 2000, Nouan-le-Fuzelier, France.
Brodolin K.L., Kulbachinsky A., Severinov K., Nikiforov V. “Formaldehyde as a probe for RNA polymerase-promoter complexes structure.” FASEB Summer Research Conference «Transcription initiation in Prokaryotes». July 19 - July 24, 1997, Vermont Academy in Saxtons River, Vermont, USA.