- Расположение дистальных регуляторных элементов, в частности энхансеров в геноме может быть определено исходя из наличия в них участков, специфически взаимодействующих с регуляторными белками.
- Периодические закономерности в расположении участков связывания регуляторных белков в пределах регуляторных модулей могут быть эффективно использованы для предсказания стабильной конформации ДНК-белкового инициаторного комплекса.
- Для регуляторных белков, связывающихся с ДНК в форме димера, удается существенно улучшить распознавание участков ДНК, взаимодействующих с регуляторным белком, путем учета симметрии их структуры.
- Статистическая значимость наблюдения мотива связывания белков или конфигурации мотивов может быть вычислена точно, путем комбинаторного анализа с помощью модификации алгоритма Ахо-Корасик.
- Распределение мотивов в последовательности ДНК позволяет судить об уровнях организации генома, которые ответственны за конкретные структурные и регуляторные функции.
Bogush VG, Sokolova OS, Davydova LI, Klinov DV, Sidoruk KV, Esipova NG, Neretina TV, Orehanskyi IA, Makeev VY, Tumanyan VG, Shaitan KV, Debabov VG, Kirpiehnikov MP. A novel model system for design of biomaterials based on reeombinant analogs of spider silk proteins. J Neuroimmune Pharmaeol. 2009 Mar;4(1):17-27.
Лифанов А.П., Власов П.К., Макеев В.Ю., Есипова Н.Г. Нуклеосомный повтор и расположение экзонов и интронов в генах коллагенов типов I и VII Биофизика. 2008, 53(3):524-8.
Рахманов С.В., Макеев В.Ю. Использование невзаимодействующих проб в пространстве белковой структуры для построения статистических потенциалов межатомного взаимодействия Биофизика, 2008; 53(3):389-96.
Britanova LV, Makeev VJ, Kuprash DV. In vitro seleetion of optimal RelB/p52 DNA-binding motifs. Bioehem Biophys Res Commun. 2008 Jan 18;365(3):583-8.
Boeva V, Clement J, Regnier M, Roytberg MA, Makeev VJ. Exaet p-value ealeulation for heterotypie elusters of regulatory motifs and its applieation in eomputational annotation of eis-regulatory modules. Algorithms Mol Biol. 2007 Oet 10;2:13.
Enikeeva FN, Kotelnikova EA, Gelfand MS, Makeev VJ. A model of evolution with eonstant seleetive pressure for regulatory DNA sites. BMC Evol Biol. 2007 Jul27;7:125.
Rakhmanov SV, Makeev VJ. Atomic hydration potentials using a Monte Carlo Reference State (MCRS) for protein solvation modeling. BMC Struct Biol. 2007 Mar 30;7:19.
В.А. Боева, М.В. Фридман, В.Ю. Макеев Эволюция микро- и мнинисателлитов в геноме человека. Биофизика. 2006, 51:650-655.
Е.Д.Ставровская, В.Ю.Макеев, А.А.Миронов CLUSTERTREE-RS: алгоритм кластеризации регуляторных сигналов с помощью бинарного дерева. Молекулярная биология. 2006, 40: 524-532.
Malko DB, Makeev VJ, Mironov AA, Gelfand MS. Evolution of exon-intron structure and alternative splicing in fruit flies and malarial mosquito genomes. Genome Res. 2006 Apr;16(4):505-9. Epub 2006.
Boeva V, Regnier M, Papatsenko D, Makeev V. Short fuzzy tandem repeats in genomic sequences, identification, and possible role in regulation of gene expression. Bioinformatics. 2006 Mar 15;22(6):676-84.
Favorov AV, Gelfand MS, Gerasimova AV, Ravcheev DA, Mironov AA, Makeev VJ. A Gibbs sampler for identification of symmetrically structured, spaced DNA motifs with improved estimation of the signal length. Bioinformatics. 2005 May 15;21(10):2240-5..
Kotelnikova EA, Makeev VJ, Gelfand MS. Evolution of transcription factor DNA binding sites. Gene. 2005 Mar 14;347(2):255-63.
Tompa M, Li N, Bailey TL, Church GM, De Moor B, Eskin E, Favorov AV, Frith MC, Fu Y, Kent WJ, Makeev VJ, Mironov AA, Noble WS, Pavesi G, Pesole G, Regnier M, Simonis N, Sinha S, Thijs G, van Helden J, Vandenbogaert M, Weng Z, Workman C, Ye C, Zhu Z. Assessing computational tools for the discovery of transcription factor binding sites. Nat Biotechnol. 2005 Jan;23(1):137-44.
Рагулина, Л.Е., Макеев, В.Ю., Есипова, Н.Г., Туманян, В.Г., Богуш, В.Г., Дебабов В.Г. Анализ вторичных структур спидроинов первого и второго типов из пауков, принадлежащих различным видам. Биофизика, 2004;49(6):1147-9.
Рагулина, Л.Е., Макеев, В.Ю., Есипова, Н.Г., Туманян, В.Г., Никитин, А.М., Богуш, В.Г., Дебабов В.Г.Исследование периодичностей в последовательностях аминокислот спидроинов первого и второго типов из пауков различных видов. Биофизика, 2004, 49(6) 1053-60
Kattenhorn LM, Mills R, Wagner M, Lomsadze A, Makeev V, Borodovsky M, Ploegh HL, Kessler BM. Identifieation of proteins assoeiated with murine eytomegalovirus virions. J Virol. 2004 Oet;78(20):11187-97.
Makeev VJ, Lifanov AP, Nazina AG, Papatsenko DA. Distanee preferenees in the arrangement of binding motifs and hierarehieal levels in organization of transeription regulatory information. Nueleie Aeids Res. 2003 Oet 15;31(20):6016-26.
Kalinina OV, Makeev VJ, Sutormin RA, Gelfand MS, Rakhmaninova AB. The ehannel in transporters is formed by residues that are rare in transmembrane heliees. In Silieo Biol. 2003;3(1-2):197-204.
Vandenbogaert M, Makeev V. Analysis of baeterial RM-systems through genome-seale analysis and related taxonomy issues. In Silieo Biol. 2003;3(1-2):127-43. Epub 2003.
Lifanov AP, Makeev VJ, Nazina AG, Papatsenko DA. Homotypie regulatory elusters in Drosophila. Genome Res. 2003 Apr;13(4):579-88.
Кравацкая, Г.И., Франк, Г.К., Макеев, В.Ю., Есипова Н.Г. Сходство периодических структур в расположении нуклеотидов на участках начала репликации бактериальных геномов. Биофизика. 2002. 47(4):595-9.
Papatsenko DA, Makeev VJ, Lifanov AP, Regnier M, Nazina AG, Desplan C.Extraetion of funetional binding sites from unique regulatory regions: the Drosophila early developmental enhaneers. Genome Res. 2002 Mar;12(3):470-81.
Ramensky VE, Makeev VJ, Roytberg MA, Tumanyan VG. Segmentation of long genomic sequences into domains with homogeneous composition with BASIO software. Bioinformatics. 2001 Nov;17(11):1065-6..
Ramensky VE, Makeev VJu, Roytberg MA, Tumanyan VG. DNA segmentation through the Bayesian approach. J Comput Biol. 2000 Feb-Apr;7(1-2):215-31.
Есипова Н.Г., Кутузова Г.И., Макеев В.Ю., Франк Г.К., Баландина А.В., Камашев Д.Э., Карпов В.Л. Анализ особенностей распределения нуклеотидов на участке начала репликации хромосомы oriC из E. coli. Биофизика, 2000, т. 45, № 3, с. 432-438.
Кривенцева Е. В., Макеев В. Ю., Гельфанд М. С. Статистический анализ экзон-интронной структуры генов высших эукариот. Биофизика, т. 44, № 4, 1999, с. 595-600.
Кутузова, Г.И., Франк, Г.К., Есипова, Н.Г., Макеев, В.Ю., Полозов Р.В. Периодичности в контактах РНК-полимеразы с промоторами. Биофизика, 1999 Mar-Apr;44(2):216-23.
Frank GK, Makeev VJ. G and T nucleotide contents show specie-invariant negative correlation for all three codon positions. J Biomol Struct Dyn. 1997
Apr;14(5):629-39.
Кутузова Г.И., Франк Г.К., Макеев В.Ю., Есипова Н.Г., Полозов Р.В. Фурье-анализ нукле-отидных последовательностей. Периодичности в промоторных последовательностях Есoli. Биофизика, 1997, 42(2):354-62..
Makeev V.Ju, Tumanyan VG. Search of periodicities in primary structure of biopolymers: a general Fourier approach. Comput Appl Biosci. 1996 Feb;12(1):49-54.
Макеев В.Ю., Франк Г.К., Туманян В.Г. Статистика периодических закономерностей в последовательностях интронов человека М., Наука. Биофизика, том 41, вып. 1., 1996.
Makeev V.Ju, Tumanyan VG, Esipova NG. The third nueleotide of the Gly eoding triplet remembers the periodieity of the eollagen ehain. FEBS Lett. 1995;
366(1):33-6.
Макеев В.Ю., Туманян В.Г. О связи методов автокорреляционной функции и дискретного анализа Фурье при анализе биологических последовательностей. Биофизика, 1994,
Макеев В. Ю. Стохастический резонанс и его возможная роль в живой природе. Биофизика, 1993, 38, 1, ст. 194.