1. Высокое бета-разнообразие растительности коренных зональных лесов ЮУР и их горных аналогов обусловлено большим объемом экологического гиперпространства – диапазоном изменения высоты над уровнем моря (от 200 до 1200 м), влиянием экспозиции, увлажнения и богатства почв. В составе синтаксономии 3 класса, 4 порядка, 9 союзов, 10 подсоюзов, 48 ассоциаций, 50 субассоциаций, 73 варианта и 3 фации. Новыми являются 1 союз, 7 подсоюзов, 29 ассоциаций, 40 субассоциаций, 67 вариантов и 3 фации.
2. Высокое альфа-разнообразие и увеличение объема ценофлор ассоциаций лесной растительности ЮУР во многом обусловлено влиянием экотонного эффекта регионального масштаба, формируемого вертикальной поясностью, перекрытием флористических комбинаций лесов Европы и Азии, положением ЮУР на стыке лесной и степной зон, сложной историей формирования растительности в плейстоцене и голоцене.
3. Преобладание во флористическом составе растительных сообществ лесов ЮУР видов с обширными ареалами (евро-азиатские, евро-сибирские). Однако в отличие от более западных территорий в их составе имеется группа видов урало-азиатского и урало-сибирского распространения, а в отличие от более восточных – видов европейского и восточноевропейского распространения.
4. Высокая эффективность синтаксономии для развития системы ОПТ ЮУР на основе оценки природоохранной значимости синтаксонов и обеспеченности их охраной.
1. Мартыненко В.Б., Соломещ А.И., Жирнова Т.В. Леса Башкирского государственного природного заповедника: синтаксономия и природоохранная значимость. Уфа: Гилем, 2003. 203 с.
2. Мартыненко В.Б., Ямалов С.М., Жигунов О.Ю., Филинов А.А. Растительность государственного природного заповедника «Шульган-Таш». Уфа: Гилем, 2005. 272 с.
3. Водоохранно-защитные леса Уфимского плато: экология, синтаксономия и природоохранная значимость / Кол. авторов. Под ред. А.Ю. Кулагина. Уфа: Гилем, 2007. 448 c.
4. Флора и растительность Южно-Уральского государственного природного заповедника / Кол. авторов. Под ред. Б.М. Миркина. Уфа: Гилем, 2008. 528 с.
Статьи в научных журналах, рекомендованных ВАК РФ
для защиты докторских диссертаций
1. Жирнова Т.В., Алексеев Ю.Е., Мартыненко В.Б., Соломещ А.И., Скворцов В.Э. Новые данные по флоре Башкирского заповедника // Бюл. МОИП. Отд. биол. 1999. Т. 104, вып. 6. С. 66-69.
2. Мартыненко В.Б. Низовые пожары как фактор сохранения сосново-лиственничных лесов Южного Урала // Экология. 2002. № 3. С. 228-231.
3. Мартыненко В.Б. О факторах определяющих характер возобновления светлохвойных лесов Башкирского госзаповедника // Лесоведение. 2002. № 4. С. 66-69.
4. Мартыненко В.Б., Соломещ А.И., Мулдашев А.А., Миркин Б.М. Об экологическом и биологическом разнообразии сосняков Республики Башкортостан // Бюл. МОИП. Отд. биол. 2002. Т. 107, вып. 5. C. 68-72.
5. Мартыненко В.Б., Миркин Б.М. О формальных и неформальных оценках флористического разнообразия (на примере сосняков Южного Урала) // Экология. 2003. № 5. С. 336-340.
6. Мартыненко В.Б., Жигунов О.Ю., Баишева Э.З., Журавлева С.Е., Миркин Б.М. Экологическое разнообразие лесов заповедника «Шульган-Таш» // Бюл. МОИП. Отд. биол. 2003. Т. 108, вып. 5. С. 32-40.
7. Мартьянова С.Н., Мартыненко В.Б., Баишева Э.З., Журавлева С.Е., Миркин Б.М. Экологическое разнообразие лесов Павловского водохранилища // Бюл. МОИП. Отд. биол. 2004. Т. 109, вып. 4. С. 50-57.
8. Миркин Б.М., Мартыненко В.Б., Наумова Л.Г. О месте классификации растительности в современной экологии // Журнал общей биологии. 2004. Т. 65, № 2. С. 167-177.
9. Миркин Б.М., Ямалов С.М., Мартыненко В.Б. Синтаксономическое изучение растительности Республики Башкортостан: история, оценка современного состояния, перспективы // Известия Самарского научного центра РАН. 2004. Т. 6, № 2. С. 306-312.
10. Абрамова Л.М., Мартыненко В.Б. Экологическая оценка уровня синантропизации лесов республики Башкортостан // Бюл. МОИП. Отд. биол. 2006. Т. 111, вып. 2. С. 97-102.
11. Мартыненко В.Б., Миркин Б.М., Жигунов О.Ю. Место метода Браун-Бланке в изучении биологического разнообразия растений // Сибирский экологический журнал. 2007. №1. С. 111-118.
12. Мартыненко В.Б., Широких П.С., Султангареева Л.А., Миркин Б.М. Вклад экотонного эффекта в фиторазнообразие широколиственных лесов Южного Урала // Бюл. МОИП. Отд. биол. 2007. Т. 112, вып. 4. С. 37-41.
13. Миркин Б.М., Ямалов С.М., Мартыненко В.Б. Синтаксономия растительности Башкортостана: 25 лет развития (1979-2004) // Бюл. МОИП. Отд. биол. 2007. Т. 112, вып. 1. С. 72-77.
14. Martynenko V.B., Mirkin B.M. & Muldashev A.A. Syntaxonomy of Southern Urals Forests as a Basis for the System of Their Protection // Russian Journal of Ecology. 2008. Vol. 39, № 7. P. 459-465.
15. Султангареева Л.А., Широких П.С., Мартыненко В.Б., Миркин Б.М. Синтаксономический анализ рекреационной сукцессии широколиственного леса в Национальном парке «Башкирия» // Известия Самарского научного центра РАН. 2009. Т. 11, № 1. С. 69-71.
Статьи в общероссийском геоботаническом журнале
«Растительность России»
1. Соломещ А.И., Мартыненко В.Б., Жигунов О.Ю. Caragana fruticis-Pinion sylvestris – новый союз остепненных сосново-лиственничных лесов Южного Урала // Растительность России. СПб., 2002. № 3. С. 42-62.
2. Мартыненко В.Б., Жигунова С.Н. Леса Уфимского плато. Класс Vaccinio-Piceetea // Растительность России. СПб., 2004. № 6. С. 35-53.
3. Мартыненко В.Б., Широких П.С., Мулдашев А.А. Соломещ А.И. О новой ассоциации остепненных дубрав на Южном Урале // Растительность России. СПб., 2008. № 13. С. 49-60.
Статьи в крупных региональных изданиях и сборниках трудов
1. Соломещ А.И., Мартыненко В.Б., Баишева Э.З., Журавлева С.Е., Онищенко Л.И. Характеристика флоры и растительности в зоне влияния Юмагузинского водохранилища и пути ее сохранения // Экологические аспекты Юмагузинского водохранилища. Уфа. Гилем, 2002. С. 93-113.
2. Миркин Б.М., Мартыненко В.Б., Жигунова С.Н. Критерии оценки видового богатства растительных сообществ // Итоги биологических исследований 2004. Сборник научных трудов. Вып. 8. Уфа: РИО БашГУ, 2004. С. 118-122.
3. Миркин Б.М., Мулдашев А.А., Мартыненко В.Б., Маслова Н.В. Охрана биологического разнообразия Башкортостана: современное состояние исследований и их перспективы // Вестник АН РБ. 2004. Т. 9, № 1. С. 38-47.
4. Ямалов С.М., Мартыненко В.Б., Голуб В.Б., Баишева Э.З. Продромус растительных сообществ Республики Башкортостан. Препринт. Уфа: Гилем, 2004. 64 с.
5. Мартыненко В.Б. Проблема сохранения биоразнообразия лесных экосистем Башкортостана // Вестник АН РБ. 2006. Т. 11, №1. С. 21-27.
6. Мартыненко В.Б., Мулдашев А.А., Широких П.С., Миркин Б.М. Потери фиторазнообразия заповедника «Шульган-Таш» при поднятии уровня Юмагузинского водохранилища // Изучение заповедной природы Южного Урала. Сборник научных трудов. Вып. 2. Уфа: Издательский дом ООО «Вилли Окслер», 2006. С. 138-166.
7. Мулдашев А.А., Султангареева Л. А., Мартыненко В.Б. Редкие виды сосудистых растений флоры Национального парка «Башкирия» и вопросы их охраны // Экологические аспекты сохранения биологического разнообразия Национального парка «Башкирия» и других территорий Южного Урала: Сборник научных статей. Уфа: Информреклама, 2007. С. 53-62.
8. Жирнова Т.В., Гайсина Р.К., Мартыненко В.Б. Особенности биологии Epipactis helleborine (Orchidaceae) в Башкирском заповеднике (Южный Урал) // Природный комплекс Южно-Уральского государственного природного заповедника и сопредельных территорий / Труды Южно-Уральского гос. природного заповедника. Вып. 1. Уфа: Принт, 2008. С. 254-261.
9. Жирнова Т.В., Мартыненко В.Б., Гайсина Р.К. Эколого-ценотические особенности Goodyera repens (Orchidaceae) в Башкирском заповеднике // Биологическое разнообразие, спелеологические объекты и историко-культурное наследие охраняемых природных территорий Республики Башкортостан: Сборник научных трудов. Вып. 3. Уфа: Информреклама, 2008. С. 57-66.
10. Широких П.С., Султангареева Л.А., Мартыненко В.Б., Миркин Б.М. Фитосоциологический анализ рекреационной сукцессии широколиственного леса в Национальном парке «Башкирия» // Биологическое разнообразие, спелеологические объекты и историко-культурное наследие охраняемых природных территорий Республики Башкортостан: Сборник научных трудов. Вып. 3. Уфа: Информреклама, 2008. С. 140-146.