1. Обоснована целесообразность проведения таксономической дифференциации представителей р. Thymallus посредством последовательного использования критериев (морфологического, генетического, географического), лежащих в основе концепции линнеевского вида или линнеона (sensu Берг, 1948).
2. Развито представление об эволюционных и палеогеографических факторах, обусловивших причины симпатрического обитания в крупных реках Азии видов хариусов различных филетических линий.
3. На основе комплексного применения современных методов анализа предложена оригинальная концепция о таксономическом разнообразии хариусов, центрах видообразования и возможных путях их распространения в водоемах Голарктики.
4. Современный ареал хариусов сформировался в результате тектонических и гляциальных преобразований, произошедших в Евразии и Северной Америке за последние 4.5-0.015 млн. лет.
5. Микроэволюционные процессы у хариусов в озерных водоемах, на начальном этапе проявляются в возникновении у них симпатрических форм в результате биотопической и определяемой ею морфологической дивергенции.
1. Редкие и малоизученные позвоночные животные Предбайкалья: распростране-
ние, экология, охрана /Дурнев Ю.А., Мельников Ю.И., … Книжин И.Б. и др.–
Иркутск: Изд-во Иркутского гос. ун-та, 1996. - 288 с.
2. Рыбы озера Байкал и водоёмов его бассейна /Книжин И.Б. и др.- Иркутск:
Учеб. пособ. Иркутский ун-т, 2004. – 104 с.
Статьи в рецензируемых изданиях из списка утвержденного ВАК:
1. Книжин И.Б., Вайс С. Дж., Антонов А.Л., Фруфе Э. 2004. Морфологическое и
генетическое разнообразие амурских хариусов (Thymallus, Thymallidae) //Вопр.
ихтиологии. Т. 44. С. 59-76.
2. Книжин И.Б., Вайс С. Дж., Богданов Б.Э., Самарина С.С., Фруфе Э. 2006. О
нахождении новой формы хариуса Thymallus arcticus (Thymallidae) в бассейне
озера Байкал // Вопр. ихтиологии. Т. 46. Вып. 1. С. 38-47.
3. Книжин И.Б., Кириллов А.Ф., Вайс С.Дж. 2006. К вопросу о разнообразии и
таксономическом статусе хариусов (Thymallus, Thymallidae) реки Лена //Вопр.
ихтиологии. Т. 46. Вып.2. С. 182-194.
4. Книжин И.Б., Вайс С. Дж., Сушник С. 2006. Хариусы бассейна оз. Байкал
(Thymallus; Thymallidae): разнообразие форм и их таксономический статус
//Вопр. ихтиологии. Т. 46. Вып. 4. С. 442-459.
5. Книжин И.Б., Антонов А.Л., Вайс С. Дж. 2006. Новый подвид амурского ха-
риуса Thymallus grubii flavomaculatus ssp. nova (Thymallidae) //Вопр. ихтиоло-
гии. Т. 46. Вып. 5. С. 581-589.
6. Книжин И.Б., Богданов Б.Э., Васильева Е.А. 2006. Морфобиологическая харак-
теристика сибирского хариуса Thymallus arcticus (Thymallidae) высокогорных
озёр бассейна верхнего течения реки Ангара // Вопр. ихтиологии. Т. 46. Вып. 6.
С. 709-721.
7. Книжин И.Б., Антонов А.Л., Сафронов С.Н., Вайс С. Дж. 2007. Новый вид ха-
риуса Thymallus tugarinae sp. nova (Thymallidae) из бассейна Амура //Вопр. их-
тиологии. Т. 47. С. 139-156.
8. Книжин И.Б., Вайс С. Дж., Богданов Б.Э., Копун Т. 2008. Новые данные о рас-
пространении верхнеленской формы хариуса (Thymallidae) в бассейне озера
Байкал и ее таксономическом статусе //Вопр. ихтиологии. Т. 48. Вып. 2. С. 166-
172.
9. Книжин И.Б., Вайс С.Дж., Богданов Б.Э., Копун Т., Музалевская О.В. 2008.
Хариусы (Thymallidae) водоемов западной Монголии: морфологическое и гене-
тическое разнообразие //Вопр. ихтиологии. Т. 48. Вып. 6. С. 745-766.
10. Книжин И.Б., Кириллов А.Ф. 2008. Особенности распространения и межпопу-
ляционные различия сибирского хариуса Thymallus arcticus (Pall.) в бассейне
реки Лены //Пробл. регион. экологии. Вып. 2. С. 56-59.
11. Книжин И.Б., Вайс С.Дж. 2009. Новый вид хариуса Thymallus svetovidovi sp.
nova из бассейна Енисея и его положение в роде Thymallus //Вопр. ихтиологии.
Т. 49. Вып. 1. С. 5-14.
12. Koskinen M.T., Knizhin I., Primmer C.R., Schlötterer C., Weiss S. 2002. Mitochondrial
and nuclear DNA phylogeography of Thymallus spp. (grayling) provides evidence
of ice-age mediated environmental perturbations in the world´s oldest body of
freshwater, Lake Baikal //Mol. Ecol. V.11. P. 2599-2611.
13. Froufe E., Alekseyev S., Knizhin I., Alexandrino P., Weiss S. 2003. Comparative phylogeography
of salmonid fishes (Salmonidae) reveals late to post-Pleistocene exchange
between three now-disjunct river basins in Siberia //Divers. Distrib. Vol.9. P.
269-283.
14. Froufe E., Knizhin I., Koskinen M.T. et al. 2003. Identification of reproductively isolated
lineages of Amur grayling (Thymallus grubii Dybowski 1869): concordance between
phenotypic and genetic variation //Mol. Ecol. V. 12. P. 2345-2355.
15. Froufe E., Alekseyev S., Knizhin I., Weiss S. 2005. Comparative mtDNA sequence
(control region, ATPase 6 and NADH-1) divergence in Hucho taimen (Pallas) across
four Siberian river basins //J. Fish Biol. V. 67. P. 1–14.
16. Froufe E., Knizhin I., Weiss S. 2005. Phylogenetic analysis of the genus Thymallus
(grayling) based on mtDNA control region and ATPase 6 genes, with inferences on
control region constraints and broad-scale Eurasian phylogeography //Mol. Phylog.
Evol. V. 34. P. 106-115.
17. Sušnik S., Knizhin I., Snoj A., Weiss S.J. 2006. Genetic and morphological characterization
of a Lake Ohrid endemic, Salmo (Acantholinqua) ohridanus with comparison
to sympatric brown trout, Salmo letnica // J. Fish Biol. V.68. (Supplement A), P.2-
23.
18. Weiss S., Knizhin I., Kirillov A., Froufe E. 2006. Phenotypic and genetic differentiation
of two major phylogeographic lineages of arctic grayling Thymallus arcticus in
the Lena River, and surrounding Arctic draining basins //Biol. J. Linn. Soc. V. 88. P.
511-525.
19. Weiss S., Knizhin I., Romanov V., Kopun T. 2007. Secondary contact between two
divergent lineages of grayling Thymallus in the lower Enisey basin and its taxonomic
implications // J. Fish Biol. V.71 (sc), P. 371–386.
Статьи в других изданиях и тезисы докладов:
1. Тугарина П.Я., Книжин И.Б. 1986. К вопросу о морфологической неоднород-
ности рыб рода Thymallus водоемов Якутии //Тез. докл. XI Всесоюз. симп.
Биологические проблемы Севера. Ихтиология, гидробиология, гидрохимия,
энтомология и паразитология. Вып. 4. Якутск: ЯФ СО АН СССР. С. 64-65.
2. Книжин И.Б. 1994. Популяционные особенности киренского стада восточно-
сибирского хариуса Thymallus arcticus pallasi Val. Систематика, биология и
биотехника разведения лососевых рыб /Матер. пятого Всеросс. Совещ. Систе-
матика, биология и биотехника разведения лососевых рыб. (Ю.С. Решетников
ред.). ГосНИОРХ, С.- Петербург, 1994, с. 100-102.
3. Матвеев А.Н., Книжин И.Б. 1996. Проблемы систематики хариусовых рыб
бассейна озера Байкал //Задачи и проблемы развития рыбного хозяйства на
внутренних водоемах Сибири / Матер. конф. по изуч. водоемов Сибири. С. 93-
94.
4. Книжин И.Б., Вайс С.Дж., Кирильчик С.В., Суханова Л.В. 2001. К вопросу о
систематическом положении хариусов озера Байкал. //Тр. каф. зоол. позв-х.
Т.1. С. 147-151.
5. Книжин И.Б., Самарина С.С., Васильева Е.А., Богданов Б.Э. 2001. К морфоло-
гии и биологии сибирского хариуса Thymallus arcticus верховьев р. Оки (Вос-
точный Саян) //Тез. докл. Всерос. конф. «Современные проблемы гидробиоло-
гии Сибири». 14-16 ноября. C. 44-45.
6. Книжин И.Б., Самарина С.С., Васильева Е.А., Богданов Б.Э. 2001. Особенно-
сти питания хариусов некоторых водоемов юга Восточной Сибири. //Тез. докл.
Всерос. конф. «Современные проблемы гидробиологии Сибири». 14-16 ноября.
С. 45-47.
7. Книжин И.Б., Кириллов А.Ф., Вайс С.Дж. 2004. К вопросу о разнообразии ха-
риусов (Thymallus, Thymallidae) в бассейне реки Лены / Матер. междунар. на-
уч. конф. Фауна Казахстана и сопредельных стран на рубеже веков: морфоло-
гия, систематика, экология: Казах. нац. ун-т им. аль-Фараби, Алма-Аты, 21-23
января 2004 г. С.144-145.
8. Книжин И.Б., Вайс С.Дж. 2007. Современные представления о разнообразии
и таксономическом статусе хариусов (Thymallidae) Евразии /Матер. межд. на-
уч.-практ. конф. «Охрана и научные исследования на особо охраняемых при-
родных территориях Дальнего Востока и Сибири», посвящ. 20-летию организ.
Буреинского гос. прир. зап-ка, п. Чегдомын, 10-12 августа 2007 г. Хабаровск:
Приамурское географ. об-во. С. 103-112.
9. Антонов А.Л., Книжин И.Б. 2008. Дополнение к ихтиофауне Буреинского за-
поведника //Тр. Государственного прир. зап-ка "Буреинский", Вып. 4. Хаба-
ровск: ИВЭП ДВО РАН, С.77-79.
10. Самарина С. С., Книжин И. Б. 2003. Питание сибирского хариуса -Thymallus
arcticus в водоемах Ангаро-Енисейского бассейна // Мат-лы Всеросс.конф.
Экологические проблемы бассейнов крупных рек. Ч.3. Тольятти, С. 249.
11. Knizhin I.B., Weiss S.J., Kirilchik S.V. 2000. mtDNA sequence diversity across the
genus Thymallus both within and surrounding the Lake Baikal basin //BDENE, Novosibirsk,
Russia, August 21-26, 2000, Novosibirsk: IC&G, Vol.5. P.2. P.180-182.
12. Weiss S., Knizhin I. 2006. Worldwide Diversity of Grayling (Thymallus spp.): current
state of knowledge and research challenges /1st International Conference on the
Grayling, The University of York, England 12 -13, July 2006.