1. Впервые в отечественной практике создана единая технологическая платформа на основе ПЦР в реальном времени, позволяющая получать информацию о трёх основных аспектах состояния иммунной системы и здоровья человека в целом:
а) о генетических особенностях;
б) о профиле экспрессии генов;
в) о взаимодействии организма с вирусным и микробным окружением.
2. Разработанная инновационная платформа полностью основана на отечественной приборной и технологической базе.
3. В рамках апробации инновационной технологической платформы:
- получены данные об основных клинически значимых иммуногенетических параметрах русской популяции;
- разработан метод оценки результатов РБТЛ с помощью ПЦР в реальном времени;
- выявлены некоторые особенности экспрессии генов иммунной системы при аллергических заболеваниях и ревматоидном артрите;
- показана возможность комплексной молекулярно-генетической оценки профиля экспрессии генов иммунной системы и бактериального фона в образцах клинического биоматериала.
1. ПЦР «в реальном времени» / Ребриков Д.В., Саматов Г.А., Трофимов
Д.Ю., и др.; под ред. д.б.н. Д.В.Ребрикова; предисл. Л.А.Остермана и акад.
РАН и РАСХН Е.Д.Свердлова. – М.: БИНОМ. Лаборатория знаний, 2009. – 215
с.: ил. ISBN 978-5-94774-927-4.
Статьи в журналах, рекомендованных ВАК:
2. Хаитов М.Р., Алексеев Л.П., Трофимов Д.Ю., Болдырева М.Н., Петрова
Т.В., Яковлева К.П. Изучение роли респираторных вирусов в этиологии и
патогенезе бронхиальной астмы. // Иммунология. – 2003. – Т.24. – №2. – С.96-
99.
3. Ребриков Д.В., Трофимов Д.Ю. ПЦР «в реальном времени»: подходы к
анализу данных. // Прикладная биохимия и микробиология. – 2006. – Т. 42. –
№ 5. – С.520–528.
4. Абрамов Д.Д., Трофимов Д.Ю., Алексеев Л.П. Частоты аллелей гена
HLA-LMP2 в русской популяции. // Иммунология. – 2006. – №4. – С.196-197.
5. Sokolenko A.P., Mitiushkina N.V., Buslov K.G., Bit-Sava E.M., Iyevleva A.G.,
Chekmariova E.V., Kuligina E.Sh., Ulibina Y.M., Rozanov M.E., Suspitsin E.N.,
Matsko D.E., Chagunava O.L., Trofimov D.Y., Devilee P., Cornelisse C., Togo
A.V., Semiglazov V.F., Imyanitov E.N. High frequency of BRCA1 5382insC
mutation in Russian breast cancer patients. // Eur. J. Cancer. – 2006. – V.42. – №10.
– Р.1380-1384.
6. Абрамов Д.Д., Дедов И.И., Трофимов Д.Ю., Болдырева М.Н., Кураева
Т.Л., Алексеев Л.П. Полиморфизм гена CTLA4 (49A/g) в русской популяции у
больных сахарным диабетом 1 типа и здоровых доноров. // Сахарный диабет. –
2007. – №3. – С.2-3.
7. Абрамов Д.Д., Трофимов Д.Ю., Алексеев Л.П. Полиморфизм гена
PTPN22 (1858C/T) в русской популяции у больных сахарным диабетом 1-го
типа и здоровых доноров. // Иммунология. – 2007. – Т.28. – №4. – С.200-201.
8. Алтухова В.В., Антонов В.А., Ткаченко Г.А., Зинченко О.В., Замараев
В.С., Плеханова Н.Г., Илюхин В.И., Трофимов Д.Ю. Использование
полимеразной цепной реакции для обнаружения возбудителей сапа и
мелиоидоза при экспериментальной инфекции. // Молекулярная генетика,
микробиология и вирусология. – 2007. – №3. – С.22-26.
9. Донецкова А.Д., Бурменская О.В., Ярцев М.Н., Трофимов Д.Ю., Ярилин
А.А. Анализ экспрессии молекулярного маркера регуляторных клеток FOXP3
в норме и при аллергопатологии у детей. // Медицинская иммунология:
официальный журнал Санкт-Петербургского Регионального Отделения
Российской ассоциации аллергологов и клинических иммунологов. – 2007. –
Т.9. – № 2-3. – С.180.
10. Донецкова А. Д., Бурменская О. В., Ярцев М. Н., Трофимов Д.Ю.,
Алексеев Л.П., Ярилин А.А. Регуляторные Т-клетки при аллергии у детей. //
Российский аллергологический журнал. – 2007. – №.3. – прилож.1. – С.17.
11. Донецкова А. Д., Шарова Н.И.,Бурменская О.В. , Топтыгина А.П.,
Трофимов Д.Ю., Алексеев Л.П., Ярилин А.А. Выработка цитокинов
эпителиальными клетками тимуса человека. // Российский аллергологический
журнал. – 2007. – № 3. – прилож.1. – С.70.
12. Акимов В.С., Хаитов М.Р., Файзулоев Е.Б., Никонова А.А., Трофимов
Д.Ю., Алексеев Л.П., Соминина А.А., Зверев В.В. Подавление репродукции
респираторно-синцитиального вируса методом siRNA. // Вопросы
вирусологии. – 2007. – Т.52. – №2. – С.8-12.
13. Кофиади И.А., Ребриков Д.В., Трофимов Д.Ю., Алексеев Л.П., Хаитов
Р.М. Распределение ВИЧ-протективных аллелей генов CCR2, CCR5 и SDF1 в
российских популяциях. // Иммунология. – 2007. – Т.28. – №1. – С.10.
14. Кофиади И.А., Ребриков Д.В., Трофимов Д.Ю., Алексеев Л.П., Хаитов
Р.М. Распределение аллелей генов CCR5, CCR2, и SDF1 ассоциированных с
устойчивостью к ВИЧ-инфекции в российских популяциях. // Доклады
Академии Наук. – 2007. – Т.415. – № 6. – С.320-323.
15. Ряпис Л.А., Брико Н.И., Дмитриева Н.Ф., Ещина А.С., Пронский А.В.,
Филатов Н.Н., Иваненко А.В., Салова И.Я., Сизых Е.В., Павловский С.С.,
Скоркина Ю.А., Трофимов Д.Ю., Кириллов М.Ю., Соболев В.И. Комплексное
типирование стрептококков группы А, выделенных в разных социально-
возрастных группах населения. // Журнал микробиологии, эпидемиологии и
иммунобиологии. – 2007. – № 1. – С.30-34.
16. Korobova S., Nikolaeva I., Chevalier A., Gornostaeva Yu., Trubcheninova L.,
Gorbunova Z., Goudima G., Pinegin B., Chernousov A., Petrova T., Trofimov D.,
Sidorovich I. Analysis of the safety and the immunogenicity of the gag-env HIV1
recombinant protein-based vaccine “VICHREPOL” in healthy adults. // Allergy. –
2007. – V.62. – S.83. – P.493.
17. Савилова А.М., Трофимов Д. Ю., Бурменская О. В., Алексеев Л.П.,
Хаитов Р.М. Метод оценки результатов РБТЛ с помощью количественной
полимерезной цепной реакции. // Иммунология. – 2008. – Т.29. – №3. – С.178-
182.
18. Трофимов Д.Ю., Ребриков Д.В., Саматов Г.А., Семенов П.А., Балуев
А.Б., Гончарова Е.В., Алексеев Л.П., Хаитов Р.М. Метод повышения точности
ПЦР в реальном времени. // Доклады академии наук. – 2008. – Т.419 – №3. –
С.118-121.
19. Трофимов Д. Ю., Бурменская О. В., Донецкова А. Д., Батенева Е.И.,
Ярилин А.А., Алексеев Л.П. Разработка тест-системы для определения уровня
экспрессии мРНК Foxp3 на основе ОТ-ПЦР в режиме реального времени. //
Иммунология. – 2008. – Т.29. – №3. – С.182-187.
20. Донецкова А. Д., Шарова Н.И., Литвина М.М., Бурменская О.В.,
Трофимов Д.Ю., Ярцев М.Н., Алексеев Л.П., Ярилин А.А. Регуляторные Т-
клетки при аллергии у детей. // Медицинская иммунология. – 2008. – Т.10. –
№2-3. – С.159-166.
21. Хаитов Р.М., Алексеев Л.П., Дедов И.И., Болдырева М.Н., Шестакова
М.В., Трофимов Д.Ю., Кураева Т.Л., Петеркова В.А. Иммуногенетика
сахарного диабета 1-го типа. // Иммунология. – 2008. – Т.29. – №4. – С.233-
236.
22. Трофимов Д.Ю., Бурменская О.В., Батенева Е.И., Алексеев Л.П., Насонов
Е.Л., Александрова Е.Н., Новиков А.А. Разработка комплекса тест-систем на
основе ОТ-ПЦР в режиме «реального времени» для определения цитокинового
профиля в мононуклеарных клетках крови и синовиальной жидкости при
ревматоидном артрите. // Медицинская иммунология. – 2008. – Т.10. – №6. –
С.563-570.
23. Korobova S., Chevalier A., Nikolaeva I., Gudima G., Gornostaeva Y.,
Trubcheninova L., Chernousov A., Pinegin B., Karamov E., Pavlova T., Kornilaeva
G., Petrova T., Trofimov D., Sidorovich I. Phase I clinical trials of a candidate
vaccine based on fusion recombinant gag-gp41 protein in healthy HIV negative
volunteers. // AIDS Research and Human Retroviruses. – 2008. – V.24. – S.1. –
P.237.
24. Трофимов Д.Ю., Рагимов А.А., Абрамов Д.Д., Кадочникова В.В.,
Гончарова Е.В., Сергеев И.В., Хаитов Р.М., Алексеев Л.П. Популяционно-
иммуногенетическая характеристика русской популяции в части генетических
полиморфизмов, значимых для иммунного статуса человека. // Иммунология.
– 2009. – в печати.
Другие публикации:
25. Alexeev L., Dedov I., Boldyreva M., Demidova I., Evseeva I., Guskova I.,
Trofimov D., Rakhimova D., Zilov A. , Cicinova T., Vasilov R. Comparative
analysis of the HLA markers of IDDM conducted in three ethnic from the territory
of former USSR. // European J. of Immungen. – 1998. – V.25. – P.52.
26. Болдырева М.Н., Евсеева И.В., Букина А.М., Грудакова Е.Г., Гуськова
И.А., Трофимов Д.Ю., Алексеев Л.П. Распределение аллелеей HLA в 4
этнических группах, проживающих на Европейской части России. // Russian
Journal of Immunology. – 1999. – V.4. – Р.96.
27. Мальков И.Г., Трофимов Д.Ю., Петрова Т.В., Павлова О.Г., Сергеев И.В.,
Алексеев Л.П. Создание комплекса приборов и реагентов для диагностики и
мониторинга ассоциированных с иммунологической недостаточностью
инфекционных заболеваний. // Аллергология, астма и клиническая
иммунология. – 2001. – №1. – С.108-109.
28. Болдырева М.Н., Грудакова Е.Г., Кабдулова Д.О., Гуськова И.А., Богатова
О.В., Сергеев И.В., Трофимов Д.Ю., Алексеев Л.П. Создание ПЦР-наборов
для молекулярно-генетического типирования генов главного комплекса
гистосовместимости человека (HLA) разного уровня разрешения. //
Аллергология, астма и клиническая иммунология. – 2001. – №1. – С.161-162.
29. Sechkin A.V., Alexeev L.P., Dolbin A.G., Boldyreva M.N., Dmitrieva N.G.,
Sergeev I.V., Trofimov D.Yu., Smirnov V.L. Effective use of a regional limited
waiting list fro renal transplants at the selection based on HLA DRB1 genotyping. //
Europ.J. of Immungen. – 2001.– V.28. – №.2. – Р.261.
30. Хаитов М.Р., Алексеев Л.П., Трофимов Д.Ю., Болдырева М.Н., Петрова
Т.В., Яковлева К.П. Молекулярная диагностика вирусных инфекций при
бронхиальной астме. Сообщение №2. Исследование роли респираторных
вирусов в возникновении приступов бронхиальной астмы. Аспекты МНС-
обусловленной предрасположенности к вирус-индуцированной бронхиальной
астме. // Аллергология, астма и клиническая иммунология. – 2002. – №8. –
С.17-21.
31. Khaitov M.R., Alexeev L.P. Trofimov D.Yu., Boldyreva M.N., Petrova T.V.,
Yakovleva K.P. HLA-associated markers of susceptibility to virus-induced
bronchial asthma. // Immunology letters. – 2003. – V.87. – №1-3. – Р.56.
32. Хаитов М.Р., Трофимов Д.Ю., Болдырева М.Н., Петрова Т.В., Яковлева
К.П., Ярцев М.Н., Ильина Н.И., Алексеев Л.П., Зверев В.В., Киселев О.И.,
Гервазиева В.Б., Семенов Б.Ф. Разработка ПЦР-диагностикума для детекции
респираторно-синцитиального вируса. // Физиология и патология иммунной
системы. – 2004. – №2. – С.85-91.
33. Николаева И.А., Гудима Г.О., Сидорович И.Г., Шевалье А.Ф., Игнатьева
Г.А., Коробова С.В., Гасанов В.А., Кисилев А.В., Истамов Х.И., Ефремов Е.Е.,
Карамов Э.В., Корнилаева Г.В., Павлова Т.В., Воробьева М.С., Чеканова Т.А.,
Петрова Т.В., Трофимов Д.Ю., Алексеев Л.П., Хаитов Р.М. Разработка тест-
систем для диагностики и мониторинга результатов иммунизации и лечения
больных СПИДом. // Физиология и патология иммунной системы. – 2005. –
№12. – С.3-11.
34. Федоров Н.А., Петрова Т.В., Елов А.А., Бурменская О.В., Трофимов
Д.Ю., Жибурт Е.Б. Калибровка HCV-содержащей плазмы крови на
детектирующем амплификаторе ДТ-322. // Здравоохранение и медицинская
техника. – 2005. – №7. – С.27.
35. Abramov D.D., Bateneva E.I., Grudakova E.G., Trofimov D.Yu., Alexeev L.P.
Polymorphism of CTLA4 (49A/G), IL18(137G/C), TNF-alpha(308G/A) and
IL6(174G/C) genes in Russian population group in both patients with type 1
diabetes mellitus and healthy controls. // Tissue antigens. – 2007. – V.69. – №5. –
P.470.
36. Хаитов Р.М., Акимов В.С., Файзулоев Е.Б., Никонова А.А., Трофимов
Д.Ю., Алексеев Л.П., Зверев В.В. Использование нанобиотехнологических
подходов для создания новых средств диагностики и лечения респираторно-
синцитиальной вирусной инфекции. // Физиология и патология иммунной
системы. – 2008. – Т.12. – № 9. – С.12-19.
Материалы симпозиумов и конференций
37. Khaitov R., Dedov I., Boldyreva M., Trofimov D., Ruzybakiev R., Taklas N.,
Rahimova D., Alexeev L. HLA-markers of insulin-dependent diabetes mellitus in
Uzbeck population. // 13th European Histocompatibility Conference. – 1999. –
Crete. – P.50.
38. Boldyreva M., Evseeva I., Boukina A., Groudakova E., Gouskova I., Trofimov
D., Ginter E., Alexeev L. Distribution of HLA alleles in 14 ethnic groups from the
European part of Russia. // 13th European Histocompatibility Conference. – 1999. –
Crete. – P.32.
39. Sechkin A., Boldyreva M., Dolbin A., Trofimov D., Benenson L., Groudakova
E., Dmitrieva N., Alexeev L. Three year experience in HLA DRB1 donor selection
at Moscow center for organ donation. Human Immunology. // 14th European
Histocompatibility Conference. – 2000. – V.61. – Suppl.1. – P.53-54.
40. Sechkin A.V., Dolbin A.G., Alexeev L.P., Trofimov D.Yu., Boldyreva M.N.,
Beneson L.I., Plavunov N.F. Genetic testing and organizing of donor organs’
selection and their distribution for further transplantation among the clinics of
Moscow region. // The 12th World Congress of Medical Law. – 1999. – Siofok.
41. Alexeev l., Boldyreva M., Trofimov D., Dedov I., Zilov A. IDDM associated
HLA markers among three population groups residing at the territory of former
USSR. Human Immunology. // 14th European Histocompatibility Conference. –
2000. – V.61. – Suppl.1 – P.59.
42. Сергеев И.В., Трофимов Д.Ю., Грудакова Е.Г., Алексеев Л.П. Изучение
полиморфизма неклассических генов HLA в русской популяции. // 5-й
конгресс РААКИ Современные проблемы аллергологии, иммунологии и
иммунофармакологии. – 2002. – Т.2. – С.197.
43. Хаитов М.Р., Трофимов Д.Ю., Петрова Т.В., Алексеев Л.П. Разработка
подходов к генетической предикции вирус-опосредованной бронхиальной
астмы. // 5-й конгресс РААКИ Современные проблемы аллергологии,
иммунологии и иммунофармакологии. – 2002. – Т.2. – С.201.
44. Trofimov D., Sergeev I., Groudakova E., Alexeev L. The MIC-A alleles’
frequencies in healthy Russians and in type I diabetic patients. // XVI European
Histocompatibility Conference. – 2002. – Strasbourg. – V.29. – №2. – Р.147.
45. Alexeev L.P., Dolbin A.G., Boldyreva M.N., Trofimov D.Yu., Minina M.G.,
Benenson L.I., Dmitrieva N.G. HLA-genotyping and clinical transplantology
prospects in Russia. // 15th European Immunology Congress EFIS. – 2003. – Rhodes
– Р.283.
46. Boldyreva M.N., Trofimov D.Yu., Yankevich T.E., Bogatova O.V., Gouskova
I.A., Philippova E.V., Sergeev I.V., Alexeev L.P. HLA-genes diversity among 5
Russian groups from different regions of Russian European part. // 17th European
Histocompatibility Conference. 11 Annual Meeting. German Society of
Immunogenetics. – 2003. – Baden-Baden. – P.S29.
47. Boldyreva M., Trofimov D., Bogatova O., Goudima G., Zelov A., Kouraeva
T., Petrakova V., Dedov I., Alexeev L. Genetic Markers for Type I Diabetes among
8 Population Groups from ex-USSR. // 12th International Congress of Immunology
and 4th Annual Conference of FOCIS. Clinical and Investigative medicine. – 2004. –
Montreal. – V.27. – №4. – P.78A.
48. Korobova S., Nikolaeva I., Chevalier A., Gornostaeva Y., Trubcheninova L.,
Gorbunova Z., Gudima G., Pinegin B., Trofimov D., Sidorovich I. Clinical trail of
recombinant gag-env HIV1 protein based vaccine VICHREPOL in healthy adults. //
3rd IAS Conference on HIV Pathogenesis and Treatment. – 2005. – Rio de Janeiro. –
Abstract A-042-0045-04695.
49. Kofiadi I., Trofimov D., Gudima G., Alexeev L. Genetic succeptibility to HIV-
1 infection in 4 populations from Russia. // Proc. XVI Eur. Congr. Immunol. – 2006.
– Paris. – P.129.
50. Папуашвили М.Н., Петрова Т.В., Бурменская О.В., Трофимов Д.Ю.
Диагностическая значимость количественного определения РНК вируса
иммунодефицита человека (ВИЧ-1) при альтернативной терапии у ВИЧ-
инфицированных пациентов методом ОТ-ПЦР в режиме «реального времени».
// Труды XIII Конгресса «Человек и лекарство». – 2006. - Т.2.
51. Насонов Е.Л., Александрова Е.Н., Новиков А.А., Трофимов Д.Ю.,
Бурменская О.В, Ребриков Д.В. Разработка комплексной технологии ранней
диагностики воспалительных заболеваний на основе молекулярных маркеров
иммунного ответа. // Сборник тезисов итоговой конференции по результатам
выполнения мероприятий за 2007 год в рамках приоритетного направления
«Живые системы» ФЦП «Исследования и разработки по приоритетным
направлениям развития научно-технологического комплекса России на 2007-
2012 годы». – 2007. – С.124-125.
52. Kofiadi I.A., Trofimov D.Yu., Rebrikov D.V. Genetic susceptibility to HIV-1
infection in Russian populations. // 21st EFI Conference. -2007. - Barcelona.
53. Кофиади И.А., Ребриков Д.В., Трофимов Д.Ю., Алексеев Л.П., Хаитов
Р.М. Анализ распространения ВИЧ-протективных аллелей среди этнических
групп, проживающих на территории России и сопредельных государств. // VIII
Конгресс «Современные проблемы аллергологии, иммунологии и
иммунофармакологии». – 2007. – Москва.