- Данная работа представляет собой первое комплексное исследование, в результате которого сформулированы принципы конструирования ингибиторов экспрессии терапевтически значимых генов на основе химически модифицированных малых интерферирующих РНК.
- Разработан универсальный экспериментальный алгоритм получения
- нуклеазоустойчивых химически модифицированных аналогов siРНК, содержащих минимальное количество модифицированных звеньев, который может быть использован для конструирования селективных ингибиторов экспрессии генов, оказывающих длительное ингибирующее действие на экспрессию гена-мишени.
- Впервые проведено систематическое исследование влияния количества и расположения нуклеотидных замен в составе селективно модифицированных siРНК на их интерферирующую активность, нуклеазоустойчивость и длительность ингибирующего действия и предложен универсальный подход, позволяющий конструировать
- высокоэффективные siРНК, направленные к произвольным последовательностям, в том числе к последовательностям с неблагоприятной термодинамической асимметрией. Разработанный подход может быть использован для получения селективных ингибиторов экспрессии химерных и мутантных генов с сохранением экспрессии аллеля дикого типа.
- Изучено влияние структуры липофильных аналогов siРНК на их способность проникать в разные типы клеток без помощи трансфецирующего агента и их интерферирующую активность и впервые показано определяющее влияние на эти параметры длины алифатического линкера между siРНК и липофильным остатком.
- Использование разработанных принципов дизайна позволило идентифицировать ряд перспективных молекулярных мишеней для лекарственных препаратов и сконструировать высокоэффективные ингибиторы экспрессии терапевтически значимых генов, которые могут быть использованы как прототипы лекарственных средств нового поколения.
1.Chernolovskaya, EX., Zenkova, M.A. Chemical modification of siRNA // Curr. Opin. Mol. Ther. - 2010. - V. 12(2). - P. 158-167.
2.Черноловская, Е.Л, РНК-интерференция: клин клином… // Наука из первых рук. -2008. - №1. - С. 54-60.
3.Кабилова, Т.О., Черноловская, Е.Л. Онкогены семейства myc как терапевтические мишени // Бюллетень сибирской медицины. - 2008. - приложение 3. - С. 11-25.
Патент:
4. Кабилова, Т.О., Черноловская, Е.Л., Зенкова, М.А., Власов, В.В. Фрагменты двуцепочечной РНК, обладающие антипролиферативной и интерферон-индуцирующей активностями // Патент на изобретение №2391405. - рег. 10.06.2010.
Статьи:
5.Kabilova, T. O., Meschaninova, M.I., Venyaminova, A.G., Nikolin, V.P., Zenkova, M.A., Vlassov, V.V., Chernolovskaya, E.L. Short dsRNA with Immunostimulatory Activity: Sequence Dependence // Nucleic Acid Therapeutics. - 2012. - V. 22. - No. 3. - P. 196-204.
6.Petrova, N., Chernikov, I., Meschaninova, M., Dovydenko, I., Venyaminova, A., Zenkova, M., Vlassov, V., Chernolovskaya, E. Carrier-free cellular uptake and the gene-silencing activity of the lipophilic siRNAs is strongly affected by the length of the linker between siRNA and lipophilic group // Nucl. Acids Res. - 2012. - V. 40. - P. 2330-2344.
7.Акимов, И.А., Черноловская, Е.Л., Спицына, Ю.Е., Рябчикова, Е.И., Зенкова, М.А. Подавление экспрессии генов Her2, CCNB1 и PKC с помощью siРНК снижает скорость пролиферации клеток нейробластомы человека на длительное время // Acta naturae. - 2011. - Т. 3. - С. 6-16.
8.Petrova, N.S., Meschaninova, M.I., Venyaminova, A.G., Zenkova, M.A., Vlassov, V.V., Chernolovskaya, E.L. Silencing activity of 2´-O-methyl modified anti-MDR1 siRNAs with mismatches in the central part of the duplexes // FEBS Lett. - 2011. - V. 585. - P. 2352-2356.
9.Кабилова, Т.О., Владимирова, А.В., Мещанинова, М.И., Веньяминова, А.Г., Зенкова, М.А., Черноловская, Е.Л., Власов, В.В. Создание противоопухолевых и иммуномодулирующих препаратов на основе коротких двуцепочечных РНК // Докл. Акад. Наук. - 2011. - Т. 436. - С. 412-416.
10.Petrova (Kruglova), N.S., Meschaninova, M.I., Venyaminova, A.G., Zenkova, M.A., Vlassov, V.V, Chernolovskaya, E.L. 2´-O-Methyl–Modified Anti-MDR1 Fork-siRNA Duplexes Exhibiting High Nuclease Resistance and Prolonged Silencing Activity // Oligonucleotides. -2010. - V. 20. - P. 297-308.
11.Спирин, П.В., Баскаран, Д., Орлова, Н.Н., Рулина, А.В., Никитенко, Н.А., Черноловская, Е.Л., Зенкова, М.А., Власов, В.В., Рубцов, П.М., Чумаков, П.М., Стокинг К., Прасолов, В.С. Подавление экспрессии лейкозных онкогенов AML1-ETO и RUNX1(K83N) с помощью РНК-интерференции // Молекулярная биология. - 2010. - Т. 44. -С. 876-888.
12.Круглова, Н.С., Мещанинова, М.И., Веньяминова, А.Г., Зенкова, М.А., Власов, В.В., Черноловская, Е.Л. Холестерин-модифицированные малые интерферирующие РНК, направленные на мРНК гена MDR1: внутриклеточная доставка и биологическая активность // Молекулярная биология. - 2010. - Т. 44. - C. 284-293.
13.Акимов, И.А., Черноловская, Е.Л. Подавление экспрессии генов CCNB1, HER2 и PKC с помощью малых интерферирующих РНК с разной эффективностью замедляет деление раковых клеток человека различного происхождения // Молекулярная биология. - 2010. -Т. 44. - С. 98-106.
14.Спирин, П.В., Баскаран, Д., Рубцов, П.M., Зенкова, M.A., Власов, В.В., Черноловская, E.Л., Прасолов, В.С. Сравнение эффективности подавления экспрессии целевых генов с помощью синтетических модифицированных siРНК и shРНК, экспрессируемых рекомбинантными лентивирусными векторами // Acta Naturae. - 2009. №. 2. - С. 98-103.
15.Дыгало, Н.Н., Калинина, Е.Л., Черноловская Е.Л., Зенкова, М.А., Шишкина, Г.А., Угрюмов, М.В. Модель изучения функции гонадотропин-рилизинг гормона в онтогенезе путем подавления его экспрессии интерферирующей РНК // Докл. Акад. Наук. - 2009. - Т. 426. - С. 828-830.
16.Volkov, A.A., Kruglova, N.S., Meschaninova, M.I., Venyaminova, A.G., Zenkova, M.A., Vlassov, V.V., Chernolovskaya, E.L. Selective protection of nuclease-sensitive sites in siRNA prolongs silencing effect // Oligonucleotides. - 2009. - V. 19. - P. 191-202.
17.Akimov, I.A., Kabilova, T.O., Vlassov, V.V., Chernolovskaya, E.L. Inhibition of Human Cancer Cells Proliferation by Long Double-Stranded RNAs // Oligonucleotides. - 2009. - V. 19(1). - P. 31-40.
18.Круглова, Н.С., Мещанинова, М.И., Веньяминова, А.Г., Власов, В.В., Черноловская, Е.Л. 2’-О-метильные аналоги одноцепочечных и двуцепочечных малых интерферирующих РНК: нуклеазо-устойчивость и биологическая активность // Фундаментальные науки - медицине. - 2008. - С. 129-133.
19.Логашенко, Е.Б., Волков, А.А., Черноловская, Е.Л., Зенкова, М.А., Власов, В.В. Обращение фенотипа множественной лекарственной устойчивости раковых клеток с помощью siРНК // Вестник ВОГИС. - 2006. - Т. 10. - С. 342-351.
20.Логашенко, Е.Б., Владимирова, А.В., Волков, А.А, Репкова, М.Н., Веньяминова, А.Г., Зенкова, М.А., Черноловская, Е.Л., Власов, В.В. Подавление экспрессии гена MDR1 с помощью химически модифицированных аналогов siРНК // Известия АН, серия химическая. - 2006. - № 7. - С. 1227-1235.
21.Kabilova, Т.О., Vladimirova, A.V., Chernolovskaya, E.L., Vlassov, V.V. Arrest of cancer cells proliferation by dsRNAs // Annals of NY Acad. of Sci. - 2006. - V. 1091. - P. 425-236.
22.Кабилова, Т.О., Черноловская, Е.Л. Ингибирование пролиферации опухолевых клеток человека двуцепочечными рнк, направленными на подавление экспрессии онкогенов семейства MYC // Вестник ВОГИС. - 2006. - Т. 10. - С. 373-382.
23.Кабилова, Т.О., Владимирова, А.В., Репкова, М.Н., Веньяминова, А.Г., Черноловская, Е.Л., Власов, В.В. Подавление экспресси гена с-MYC с помощью ферментативно и химически синтезированных siРНК // Молекулярная Биология. - 2006. - Т. 40. - С. 1037-1046.
24.Kabilova, T.O., Chernolovskaya, E.L., Vladimirova, A.V., Vlassov, V.V. Inhibition of Human Carcinoma and Neuroblastoma Cell Proliferation by anti c-Myc siRNA // Oligonucleotides. - 2006. - V. 16. - P. 15-25.
25.Власов, В.В., Зенкова, М.А., Черноловская, Е.Л. Лекарства, адресованные генам // Наука в России. - 2005. - №2. - С. 41-44.
26. Логашенко, Е.Б., Владимирова, А.В., Зенков, А.Н., Репкова, М.Н., Веньяминова, А.Г., Черноловская, Е.Л., Власов, В.В. Обращение фенотипа множественной лекарственной устойчивости с помощью малых интерферирующих РНК // Известия АН, серия химическая. - 2005. - № 2. - С. 41-44.
27.Зенков, А.Н., Скворцова, Н.В., Черноловская, Е.Л., Зенкова, М.А., Поспелова, Т.И., Лосева, М.И., Власов, В.В. Экспрессия генов MDR1 и MRP с первичным поражением костного мозга // Бюллетель СО РАМН. - 2004. - № 4. - С. 43-48.
28.Поспелова, Т.И., Лосева, М.И., Ковынев, И.Б., Агеева, Т.А., Зенкова, М.А., Черноловская, Е.Л., Зенков, А.Н., Скворцова, Н.В., Власов, В.В. Основы опухолевой прогрессии гемобластозов // Бюллетель СО РАМН. - 2004. - № 2. - С. 73-76.
29.Логашенко, Е.Б., Кабилова, Т.О., Владимирова, А.В., Власов, В.В., Черноловская, Е.Л. Подавление экспрессии генов c-myc и mdr1 в линиях опухолевых клеток человека короткими двуцепочечными РНК (siRNA) // Вестник НОЦ. - 2004. - № 5-6. - С. 22-25.
30.Zenkov, А.N., Scvortsova, N.V., Chernolovskaya, E.L., Pospelova, T.I., Vlassov, V.V. Expression of the MDR1 and MRP genes in patients with lymphoma with primary bone marrow involvement // Nucleosides, Nucleotides & Nucleic Acids. - 2004. - V. 23. - P. 843-847.
31. Kabilova, T.O., Chernolovskaya, E.L., Vladimirova, A.V., Vlassov, V.V. Silencing of c- myc expression in tumor cells by siRNA // Nucleosides, Nucleotides & Nucleic Acids. - 2004. - V. 23. - P. 867-872.
32. Logashenko, E.B., Vladimirova, A.V., Chernolovskaya, E.L., Repkova, M.N., Venyaminova, A.G., Vlassov, V.V. Silencing of multiple drug resistance gene in cancer cells by short double stranded RNA // Nucleosides, Nucleotides & Nucleic Acids. - 2004. - V. 23. - P. 861-866.
33.Черноловская, Е.Л., Зенков, А.Н., Зенкова, М.А., Власов, В.В. Подавление множественной лекарственной устойчивости с помощью синтетических олигонуклеотидов // Наука производству. - 2003. - № 3. - С. 57-62.
34.Логашенко, Е.Б., Черноловская, Е.Л., Владимирова, А.В., Репкова, М.Н., Веньяминова, А.Г., Власов, В.В. Подавление экспрессии гена множественной лекарственной устойчивостив опухолевых клеткахс помощью короткой двуцепочечной РНК // Доклады Академии Наук, серия химическая. - 2002. - T. 386. - C. 274-276.