Научная тема: «МЕТИЛ-ДНК СВЯЗЫВАЮЩИЕ БЕЛКИ С ДОМЕНАМИ «ЦИНКОВЫЕ ПАЛЬЦЫ»: МОЛЕКУЛЯРНО-ГЕНЕТИЧЕСКАЯ ХАРАКТЕРИСТИКА И АНАЛИЗ БИОЛОГИЧЕСКИХ ФУНКЦИЙ МЕТОДАМИ НОКАУТА.»
Специальность: 03.01.03
Год: 2011
Отрасль науки: Биологические науки
Основные научные положения, сформулированные автором на основании проведенных исследований:
Свойство белков ZBTB33 (Каизо), ZBTB4 и ZBTB38 специфически связывать метилированную ДНК было открыто впервые мире в процессе получения основных результатов данной диссертационной работы. Впервые показано, что мышь с удаленным геном Каизо проявляет устойчивость к развитию рака кишечника. Также пионерскими являются все результаты, указывающие на важность Каизо в процессе эмбрионального развития шпорцевой лягушки. Проведение полногеномного картирования участков связывания Каизо было превым примером использования технологии ChIP-Seq в Российской Федерации. Помимо технической новизны следует обратить внимание на то, что данный экспреримент позволил выделить метил ДНК связывающую активность Каизо, как доминирующую in vivo, в то время как связывание неметилированных последовательностей CTGCNA было детектировано на уровне фона. Последнее обстоятельство является убедительным аргументом в споре с рядом лабораторий (Dr Juliet Daniel, Dr Pierre McCrea), которые считают что реализация основной биологической функции Каизо проистекает через связывание участков CTGCNA, а не метилированных ЦфГ динуклеотидов. Таким образом, данная работа не только открывает новое направление в изучении доменов типа «цинковые пальцы», но и позволяет более точно сфокусировать исследования в этой области на интерпретации сигналов метилирования.
Список опубликованных работ
1)Прохорчук Е.Б., Тульчинский Е.М., Георгиев Г.П., Луканидин Е.М. Анализ гомологичных последовательностей ДНК в первом интронегена mtsl мыши и человека: кВ-подобный сайт и микросателлитная ДНК // Ге нети ка . 1996-Т. 32-С. 1317-1325.

2)Tulchinsky E, Prokhortchouk E, Georgiev G, Lukanidin E. A kappaB-related binding site is an integral part of the mts1 gene composite enhancer element located in the first intron of the gene // The Journal of Biological Chemistry. 1997-V. 72- P. 4828-4835.

3)Prokhortchouk EB, Prokhortchouk AV, Rouzov AS, Kiselev SL, Lukanidin EM, Georgiev GP. A minisatellite "core" element constitutes a novel, chromatin-specific activator of mts1 gene transcription // Journal of Molecular Biology. 1998-V. 280- P. 227-236.

4)Смирнов А.С., Рузов А.С., Гнучев Н.В., Прохорчук Е.Б Механизмы поддержания высокого конститутивного уровня NF-кВ в клетках аденокарцином мыши // Доклады академии наук (Биохимия, биофизика, молекулярная биология). 2000- Т. 373- С. 148-149.

5)Смирнов А.С., Буданов А.В., Рузов А.С., Иванов А.В., Прохорчук А.В., Гнучев Н.В., Прохорчук Е.Б. Высокий конститутивный уровень NF-кВ необходим для жизнеспособности клеток аденокарциномы мыши - возможная роль р53 // Молекулярная биология. 2000- Т.34- С. 775-782.

6)Прохорчук А.В., Прохорчук Е.Б. Обнаружение и анализ нового мышиного ДНК-связывающего белка, специфичного к метилированию // Доклады академии наук (Биохимия, биофизика, молекулярная биология. 2000-Т. 370- С. 24-26.

7)Smirnov AS, Ruzov AS, Budanov AV, Prokhortchouk AV, Ivanov AV, Prokhortchouk EB High constitutive level of NF-kappaB is crucial for viability of adenocarcinoma cells // Cell Death & Differentiation. 2001- V. 8- P. 621-630.

8) Прохорчук A.B., Айтхожина Д.С., Саблина A.A., Рузов A.C., Прохорчук Е.Б. Каизо- новый член семейства BTBPOZ , белков специфично связывается с метилированной ДНК // Генетика. 2001- Т. 37- С.737-744.

9) Prokhortchouk A, Hendrich B, Jшrgensen H, Ruzov A, Wilm M, Georgiev G, Bird A, Prokhortchouk E The p120 catenin partner Kaiso is a DNA methylation-dependent transcriptional repressor // Genes & Development. 2001- V. 15- P. 1613-1618.

10)Prokhortchouk E, Hendrich B Methyl-CpG binding proteins and cancer: are MeCpGs more important than MBDs? // Oncogene. 2002- V. 21- P. 5394-5399.

11)Ruzov A, Dunican DS, Prokhortchouk A, Pennings S, Stancheva I, Prokhortchouk E, Meehan RR Kaiso is a genome-wide repressor of transcription that is essential for amphibian development // Development. 2004- V. 131- P. 6185-6194.

12)Саложин С.В., Прохорчук Е.Б., Георгиев Г.П. Метилирование ДНК как один из основных эпигенетических маркеров // Биохимия. 2005- Т. 70- С.525-532.

13)Filion GJ, Zhenilo S, Salozhin S, Yamada D, Prokhortchouk E, Defossez PA . A family of human zinc finger proteins that bind methylated DNA and repress transcription // Mol Cell Biol. 2006- V. 26-P.169-181.

14)Della Ragione F, Tiunova A, Vacca M, Strazzullo M, Gonzбlez E, Armstrong J, Valero R, Campanile C, Pineda M, Hulten M, Monros E, D´Esposito M, Prokhortchouk E. The X-linked methyl binding protein gene Kaiso is highly expressed in brain but is not mutated in Rett syndrome patients // Gene. 2006- V.373- P. 83-89.

15)Prokhortchouk A, Sansom O, Selfridge J, Caballero IM, Salozhin S, Aithozhina D, Cerchietti L, Meng FG, Augenlicht LH, Mariadason JM, Hendrich B, Melnick A, Prokhortchouk E, Clarke A, Bird A. Kaiso-deficient mice show resistance to intestinal cancer // Mol Cell Biol. 2006- V. 26- P. 199-208.

16)Orlov SV, Kuteykin-Teplyakov KB, Ignatovich IA, Dizhe EB, Mirgorodskaya OA, Grishin AV, Guzhova OB, Prokhortchouk EB, Guliy PV, Perevozchikov AP. Novel repressor of the human FMR1 gene - identification of p56 human (GCC)(n)-binding protein as a Krьppel-like transcription factor ZF5// FEBS J. 2007- V. 274- P. 4848-4862.

17)Prokhortchouk E, Defossez PA. The cell biology of DNA methylation in mammals // Biochim Biophys Acta. 2008. V- 1783- P. 2167-2173.

18)Lopes EC, Valls E, Figueroa ME, Mazur A, Meng FG, Chiosis G, Laird PW, Schreiber-Agus N, Greally JM, Prokhortchouk E, Melnick A. Kaiso contributes to DNA methylation-dependent silencing of tumor suppressor genes in colon cancer cell lines // Cancer Res. 2008- V. 68- P. 7258-7263.

19)Ruzov A, Hackett JA, Prokhortchouk A, Reddington JP, Madej MJ, Dunican DS, Prokhortchouk E, Pennings S, Meehan RR. The interaction of xKaiso with xTcf3: a revised model for integration of epigenetic and Wnt signalling pathways // Development. 2009- V. 136- P. 723-727.

20)Ruzov A, Savitskaya E, Hackett JA, Reddington JP, Prokhortchouk A, Madej MJ, Chekanov N, Li M, Dunican DS, Prokhortchouk E, Pennings S, Meehan RR. The non-methylated DNA-binding function of Kaiso is not required in early Xenopus laevis development // Development. 2009- V. 136- P. 729-738.

21)Пехов В.М., Краснова Н.Ю., Мазур А.М., Селезнева О.В., Прохорчук Е.Б., Момыналиев К.Т. Метилирование CpG-динуклеотидов генома Helicobacter pylori при повышении концентрации метионина // Молекулярная биология. 2010- Т. 44- С. 170-173.

22) Жигалова Н.А., Женило С.В., Айтхожина Д.С., Прохорчук Е.Б. Две функции домена “цинковые пальцы” метил-ДНК-связывающего белка Каизо // Молекулярная биология. 2010- Т. 44- C. 263-74.