Всей своей многолетней научно-педагогической и общественной деятельностью М.А. Винокуров внес значительный вклад в реформирование системы профессионального образования. Убедительным примером реализации такого подхода является руководимый им Байкальский государственный университет экономики и права (БГУЭП), который развивается как единый университетский комплекс. В настоящее время в университетском комплексе БГУЭП обучается свыше 25 тыс. студентов, из них около 13 тыс. студентов в головном вузе г. Иркутска. За 20 лет управления вузом была значительно укреплена материально-техническая база (число учебных корпусов возросло с 9 до 59, обновлена компьютерная техника и полиграфическое оборудование). Авторитет руководителя БГУЭП находит свое выражение в том, что М.А. Винокуров, начиная с 1999 г., трижды избирается председателем совета ректоров вузов Иркутской области. Он умело координирует и направляет деятельность высших учебных заведений региона и целенаправленно организовывает работу вузов на реформирование учебного и научного процессов с учетом современных мировых тенденций и образовательных стандартов, что создает условия для повышения статуса вузов Иркутской области и их вхождения в международное образовательное пространство.

Весом вклад М.А. Винокурова в развитие и укрепление научно-педагогического потенциала системы высшего и среднего профессионального образования Сибири и Дальнего Востока. Ежегодно в шести диссертационных советах вуза защищается около 80 кандидатских и докторских диссертаций. Сам ректор уже более 20 лет руководит докторским диссертационным советом по экономическим наукам. Из года в год в головном вузе увеличивается доля преподавателей с учеными степенями и званиями. Сегодня каждый шестой преподаватель университета является доктором наук, профессором, что является лучшим показателей среди вузов Сибири и Дальнего Востока.

Под руководством д.э.н., проф. М.А. Винокурова были разработаны в составе временных творческих коллективов основные базовые Программы социально-экономического развития Иркутской области, Стратегия развития северных территорий Иркутской области, они внедрены в практику управления и утверждены депутатами Законодательного собрания Иркутской области.

Михаил Алексеевич был активными участниками пленарных заседаний пяти Байкальских экономических форумов и Оргкомитетов по подготовке и проведению форумов в составе временных творческих коллективов, разрабатывал рекомендации для законодательных и исполнительных органов власти. Разработка комплекса мероприятий по проведению IV Байкальского экономического форума на круглых столах и дискуссионных площадках в БГУЭП под его руководством была отмечена премией губернатора Иркутской области в 2006 году.

М.А. Винокуров активно участвует в реализации национального проекта «Образование». На основании договора о творческом сотрудничестве между ГОУ ВПО «БГУЭП» и Управления образования г. Иркутска с 2006 г. на базе БГУЭП проходит обучение слушателей по программе «Управление человеческими ресурсами», «Системы корпоративного управления». Программы ориентированы на руководителей и работников школ, СУЗов, учреждений дошкольного и дополнительного образования. За время реализации проектом охвачены образовательные учреждения всех районов г. Иркутска. Количество обучающихся на программе составляет более 220 чел.

В БГУЭП под руководством М.А. Винокурова функционирует научная школа «Экономика и управление трудом». Как крупный ученый он известен своими научными работами в области региональной экономики, рынка труда и управления, социологии, этнопсихологии и экономической истории. Им опубликовано более двухсот публикаций в различных изданиях, в том числе в 23 монографиях и 20 учебниках и учебных пособиях. Результаты исследований Винокурова М.А. докладывались на многочисленных международных научных конференциях и симпозиумах ведущих университетов США, Японии, Китая, Монголии.

М.А. Винокуров плодотворно участвует в общественно-политической жизни региона, постоянно выступая на научно-практических конференциях, семинарах, круглых столах, которые проводит Администрации региона, а также в средствах массовой информации, давая актуальные комментарии по социально-экономическому развитию региона. Авторитетный руководитель и ученый, он принимает участие в работе административных советов города Иркутска и Иркутской области. В 2008 г. он вновь избран в состав Координационного научного совета и Совета безопасности при губернаторе Иркутской области. М.А. Винокуров входит также в состав Головного совета Министерства образования и науки РФ по координации научных исследований в рамках региональных программ.